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• [GO] Gene Ontology Biological process 시각화 archiving GO pathway 들은 너무 방대해서, 시각화하기 쉽지 않은데, 몇 가지 좋은 package 들을 발견해서 아카이빙 한다. 1. bioinfproject/bioinfo: NeVOmics (github.com) GitHub - bioinfproject/bioinfo: NeVOmics NeVOmics. Contribute to bioinfproject/bioinfo development by creating an account on GitHub. github.com 이것은 Tree 도 그려주는 듯. 데이터/Bioinformatics tools 2023. 3. 13.

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  [UniProt Challenge] Round 1, 종료. 드디어 8개월간의 여정이 일단락되었다. 포스팅을 주기적으로 하려 했으나 정말 정신이 없었어서 round 1 이 끝난 지금에야 포스팅을 한다! 심지어 이것도 내지 못할 뻔 했는데 일화를 설명하자면, 대회 담당자 : "너 Synapse 에 등록된 것으로 나오긴 하는데, 대회 제출한 흔적이 없어서. 혹시 제출할 생각 있으면 제출 기간 5월까지로 늘려줄게!" 나 : " 11월까지로 연기된 줄 알았어. 그래주면 고맙지. 바로 제출할게. " 로 되어서 어제 Method 정리해서 제출하였다. Round 1 은 성능평가 , Round 2 는 code 평가로 이어지는 대회라서 우선 Round 1 에서 전체적인 성능을 포함하여 Method도 같이 달라고 했다. 모든 대회가 다 그렇듯 prediction file 의 val.. Resources/Personal Projects 2023. 3. 12.

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  Network expansion of genetic associations defines a pleiotropy map of human cell biology Network expansion of genetic associations defines a pleiotropy map of human cell biology | Nature Genetics Nature Genetics, 2023 Pablo Porras & Pedro Beltrao Labs Abstract 상호작용하는 단백질은 비슷한 기능을 가지는 경향이 있으며, 이는 같은 기관적인 형질에도 영향을 미친다. 상호작용 네트워크는 GWAS 연구로부터 후보 형질-연관 유전자를 확장하는 데 사용될 수 있다. 이 연구에서는 1002개의 인간 형질에 대한 형질-연관 유전자의 네트워크 기반 확장을 통해 이것이 알려진 질병 유전자와 약물 타겟 유전자로까지 회복(recover) 될 수 있음을 보였다 (역주 : GWAS .. 논문 리뷰/Systems biology 2023. 3. 7.

• 3월 2주차 Network expansion of genetic associations defines a pleiotropy map of human cell biology | Nature Genetics Brain expression quantitative trait locus and network analyses reveal downstream effects and putative drivers for brain-related diseases | Nature Genetics Evolution of the germline mutation rate across vertebrates | Nature High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes .. 이번 주 논문들 2023. 3. 7.

• 트리 시각화하기 The Programmable Tree Drawing Engine — ETE Toolkit - analysis and visualization of trees 데이터/Plotting 2023. 3. 3.

• 2월 4주차 Network expansion of genetic associations defines a pleiotropy map of human cell biology | Nature Genetics Brain expression quantitative trait locus and network analyses reveal downstream effects and putative drivers for brain-related diseases | Nature Genetics De novo design of luciferases using deep learning | Nature Transgenerational inheritance of acquired epigenetic signatures at CpG island.. 이번 주 논문들 2023. 2. 24.

• Seurat Tutorial Getting Started with Seurat • Seurat (satijalab.org) 카테고리 없음 2023. 2. 24.

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  Network topology metrics explaining enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal phenotypes in metastasis Network topology metrics explaining enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal phenotypes in metastasis | PLOS Computational Biology Mohit Kumar Jolly Group 2022, PLOS Computational Biology Abstract EMT 및 MET은 전이의 특징임. 상피/중간엽(Hybrid E/M) 세포는 종종 순수한 E/M 세포보다 더 공격적이고 전이적임. 따라서 상피/중간엽(Hybrid E/M) 세포를 억제하는 메커니즘을 식별하는 것은 전이를 억제하는 데 유망할 수 있음 EMT/MET에 대한 다중 유전자 조절 네트워크(GRN) 기반 수학 모델이 최근 개발되었지만, 하이브리드 .. 논문 리뷰/Systems biology 2023. 2. 17.

• [IGV] IGV 자동화 자료들 모음 IGV 로 read 들을 보는 것은 꽤 많은 노력이 들어가는 일 인데, 쉽게 할 수 있는 것들을 찾아서 적어본다. 나도 예전에 batch script 를 사용한 자동화를 한 적이 있는데, 그 과정보다 훨씬 편해 보인다. Igv | Dash for Python Documentation | Plotly Igv | Dash for Python Documentation | Plotly dash_bio.Igv Examples and Reference see Igv in action. Igv An example of a default Igv component without any extra properties. Select the genome to display below. import dash from dash... 데이터/Bioinformatics tools 2023. 2. 15.

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  Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation | Nature Lilianna Solnica-Krezel & Samantha A. Morris Groups 2023, Nature Abstract Cell identity는 유전자-조절 네트워크로 대표되는 유전자 발현의 복잡한 조절에 의해 통제됨 이 논문에서는 single-cell multi omics 데이터를 사용하여 만들어진 유전자 조절 네트워크로 wildtype 데이터를 대상으로 하는 in silico transcription factor perturbations 을 수행하고 cell identity 의 변화되는 정도를 시뮬레이션함. 기계 학습 기반 접근법인.. 논문 리뷰/Systems biology 2023. 2. 14.

• 2월 3주차 Interpreting omics data with pathway enrichment analysis: Trends in Genetics (cell.com) 이번 주 논문들 2023. 2. 13.

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  Single-cell spatial landscapes of the lung tumour immune microenvironment Single-cell spatial landscapes of the lung tumour immune microenvironment | Nature 2023, Nature Philippe Joubert & Logan A. Walsh Groups Abstract 대부분의 임상 전략은 조직병리학적 계층화에 의존 하지만 이러한 계층화된 하위 유형 내 단일 세포 표현 유형의 공간적 맥락 파악은 아직 어려운 상태 이 논문에서 5가지 조직학적 패턴에 걸쳐 lung adenocarcinoma 416명 샘플의 종양과 면역학적 지형을 특성화하기 위해 영상 질량 세포 측정법 ( imaging mass cytometry )을 적용함 160만개의 cell 을 검사하여 생존을 포함한 특징화되는 임상적 correlate 들과 더.. 논문 리뷰/Histology 2023. 2. 13.