Drug discovery3

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  On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) * Open Access 가 아니라 Abstract 만 단백질 - 리간드 원자 스케일에서의 결합 강도는 drug discovery 의 초기 단계에서 아직도 큰 과제임. 이 논문에서는 modular message passing GNN 을 이용하여 ligand, protein 의 free, bound state 를 설명하려고 했고, 리간드-단백질의 비공유결합만으로는 설명이 어렵다는 것을 말하고 있다. 간단한 모델들도 training set 에 있.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 10.

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  Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information | Scientific Reports (nature.com) 2015, Scientific Reports Shroeder group Drug 는 타겟단백질에 붙어서 downstream effector 와 상호작용하여 결과적으로는 암세포의 전사체를 perturb 시킴. 이러한 perturbation 은 약물의 타겟같은 source 에 대한 정보를 제공함. 이 논문에서, 우리는 이러한 perturbation 과 단백질 상호작용 네트워크가 약물 타겟과 주요 pathway 들을 밝힐 수 있다는 것을 연구했음. CMap 에 있는 500여개 약물에 대한 systematic .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 16.

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  5월 1주차 1. Nonlinear mechanics of human mitotic chromosomes | Nature Nonlinear mechanics of human mitotic chromosomes - Nature A method that uses a combination of optical trapping, fluorescence microscopy and microfluidics to analyse the internal structure of chromosomes shows that there is a distinct nonlinear stiffening of the chromosome in response to tension. www.nature.com condensin + TOP2A gene 에 .. 이번 주 논문들 2022. 5. 8.