논문 리뷰/Abstract only9

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  APOBEC mutagenesis is a common process in normal human small intestine APOBEC mutagenesis is a common process in normal human small intestine | Nature Genetics 2023, Nature genetics Simon James Alexander Buczacki & Michael R. Stratton APOBEC Mutational signature SBS2와 SBS13은 많은 인간 암 유형에서 일반적임 하지만 정상 세포에서 암 세포로의 진행될 때 만약 APOBEC 효소가 관여되어 있는 경우라면 조금 다른 이야기가 될 수도 있음. 여기서 우리는 39명의 소장에서 342개의 미세하게 분리된 정상 Crypt cell 을 WGS 했고 SBS2/SBS13 돌연변이가 대부분의 다른 정상 조직보다 더 빈번하게 17%의 Cr.. 논문 리뷰/Abstract only 2023. 2. 13.

• Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN | Science 알파폴드와 로제타폴드같은 딥러닝 접근 방식은 단백질 구조예측을 광범위하게 이용가능하게 했다. 하지만 그 역의 경우 ( 원하는 구조대로 접히는 sequence 를 찾는 것 ) 은 에너지 최적화에 기반을 둔 접근법이 대다수이다. 두 논문에서, 딥러닝을 이용한 단백질 디자인 문제가 다뤄졌다. Dauparas et al. 에서는 ProteinMPNN 이라는 방법을 개발했는데, 그들은 실험적으로 design 을 증명하였고 Rosetta 나 Alphafold 를 사용하여 얻어진 design 중 실패한 design 도 사용가능하게 할 수 있다는 것을 보였다. Wicky et a.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 10. 25.

• NMR-guided directed evolution NMR-guided directed evolution | Nature Directed evolution 은 단백질에 새로운 기능을 부여하고, 기존의 특성을 개선시키는 데 있어서 강력한 도구임. 하지만 small protein 에서조차 directed evolution 의 potential 은 천문학적인 가능한 아미노산 종류 때문에 제한되어있다. 100개의 아미노산 잔기로 이루어진 단백질을 sampling 하는것은 20,100 개의 조합을 요구하고, 이는 실험적 방법으로는 어려운 수치이다. 실제로, 상대적으로 적은 수의 잔기를 수정하는 것은 이미 존재하는 단백질의 repurposing 이나 그의 효율적인 개선, 기능적인 개선에 충분하다. 더 나아가서, 그러한 mutation 들의 위치를 예측하는 전산학적인.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 10. 25.

• The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep | Nature Nature, 2022 Walter Paul Weber & Nicola Aceto groups 암의 전이적 확산은 순환하는 종양 세포(CTC)의 haematogenous dissemination (피를 통해 순환계로 흐르는 것)에 의해 이루어진다. 그러나 일반적으로 전이가능한 CTC의 생성을 설명하는 temporal dynamics은 대부분 특징이 없으며, 종종 CTC가 종양에서 지속적으로 제거되거나 자극의 결과로 제거된다고 가정한다. 이 논문에서는 유방암 환자 , mouse 모델 모두에서 대부분의 자발적 CTC Intravasation 이 수면 중에 발생함을 밝힌다. 또한 .. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 7. 3.

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  Using deep learning to annotate the protein universe Using deep learning to annotate the protein universe | Nature Biotechnology 2022, Nature Biotech Mark A. DePristo & Lucy J. Colwell groups 아미노산 서열과 단백질 기능의 관계를 이해하는 것은 광범위한 과학적, 해석적 의미를 갖는 오랜 과제이다. Alignment-based 의 최신 기법들은 미생물 1/3 단백질의 기능을 예측하지 못해서 이는 다양한 유기체의 데이터를 확용하지 못하게 한다. 이 논문에서는 Pfam 데이터베이스에서 17,929 family 를 사용해서 unaligned amino acid 의 기능을 예측하기 위한 딥러닝 모델을 학습시켰다. 모델은 진화적인 substitution 들 중.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 26.

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  Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature 2022, Nature Vadim Cherezov & Cornelius Gati Groups Abstact GABA transporter 1 ( GAT1 ) 은 synaptic vesicle 에서 inhibitory neurotransmitter GABA 가 분비되었을 때 이것을 synaptic cleft 에서 제거하는 역할로 중추신경계의 흥분을 조절한다. Synaptic cleft 에서 GABA 의 양을 높임으로서 GABA reuptake transporter 를 억제하는 방법은 epilepsy 같은 신경 질환을 치료하기 위한 전략 중 하나이다. 이 논문에서 ,cryo-electron microscopy 를.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 19.

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  On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) * Open Access 가 아니라 Abstract 만 단백질 - 리간드 원자 스케일에서의 결합 강도는 drug discovery 의 초기 단계에서 아직도 큰 과제임. 이 논문에서는 modular message passing GNN 을 이용하여 ligand, protein 의 free, bound state 를 설명하려고 했고, 리간드-단백질의 비공유결합만으로는 설명이 어렵다는 것을 말하고 있다. 간단한 모델들도 training set 에 있.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 10.

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  People construct simplified mental representations to plan People construct simplified mental representations to plan | Nature * Open Access 가 아니라서 Abstract 만 인간의 인지능력 중 가장 특이한 요소는 계획을 하는 능력 이다. 인간의 계획능은 두가지 측면이 있는데, 효율성과 유연성이 그것이다. 효율성은, 사람들은 복잡한 환경속에서 일정이 존재할지라도 제한된 인지 자원 을 이용해서 매일의 계획에 대한 답을 찾는다는 접에서 특히 인상적이다. 심리학, 경제학, 인공지능은 인간 계획의 성공은 사람들이 어떠한 일에 대한 완전한 표현(task representation)을 가지고 있고, 경험적인 것을 기반으로 해서 미래에 대한 계획을 세운다고 설명한다. 하지만, 이런 접근은 일반적으로 task r.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 5. 29.

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  A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice | Nature 2022, Nature Jonathan K. Pritchard & Kelley Harris groups * Open Aceess 가 아니라서 Abstract만 Germline mutation rate 은 종마다 비율도 틀리고 양상도 틀리지만, 돌연변이율에 대한 유전적 공통 modifier 는 아직 밝혀진바가 없다. 이 논문에서는, panel of recombinant inbred mouse lines known as the BXD 를 사용하여 germline mutagenesis 에 영향을 미치는 loci를 찾으려고 했다. 각각의 BXD lineage 는 Brother.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 5. 29.