개념 정리4

• [ML/DL] 쿨백-라이블러 발산 (Kullback-Leibler divergence, KLD) 쿨백-라이블러 발산(Kullback-Leibler divergence, KLD)은 두 확률 분포 P와 Q 간의 차이를 측정하는 수학적 개념입니다. 일반적으로 KLD(Q||P)로 표기되며, 이는 실제 분포 P를 분포 Q를 사용하여 근사하려고 할 때 발생하는 정보 손실을 측정합니다. KLD(Q||P)는 다음과 같이 정의됩니다. KLD(Q||P) = ∑x Q(x) * log(Q(x) / P(x)) 여기서 x는 가능한 결과의 하나이며, Q(x)는 Q에 따른 x의 확률이고, P(x)는 P에 따른 x의 확률입니다. 이 공식은 각 결과의 확률로 가중치를 두고 두 분포의 로그 차이를 평균적으로 계산합니다. KLD(Q||P)가 대칭적이지 않다는 점에 유의해야 합니다. 즉, KLD(Q||P)는 Q의 관점에서 Q와 P의 차.. 개념 정리 2023. 3. 31.

• [Bioinformatics] Qiagen Web CLC Manuals - clcsupport.com (qiagenbioinformatics.com) 개념 정리 2022. 10. 24.

• Ploidy, haplotype, phasing Ploidy 사람은 모계, 부계로부터 Genome 을 하나씩 받는다. 각 세포에 들어가있는 염색체의 완전한 조합 ( Haplotypes ) 은 ploidy 라고 한다. 사람과 다른 동물들은 diploid ( 2N ) 인데 반해 식물은 더 높은 배수를 가질수도 있다. 염색체 쌍의 증가는 DNA 양을 증가시켜줄 뿐만 아니라, 유전체의 복잡성에도 영향을 미친다. 이는 보통 두 개의 genome (부계 / 모계) 는 동일하지만, 다른 경우도 있기 때문이다. Phasing 거대한 다배수체나 배수체를 시퀀싱할 때, 그 목표는 각 copy 당 우리가 보고자 하는 부위의 서열을 정확하게 아는 것이다. 이는 haploid genome (single copy) 를 조립한 후, variant 를 찾거나, 어떤 allele.. 개념 정리 2022. 7. 10.

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  Cancer immunoediting Cancer immunoediting Immunoedtiting : normal cell -> clinically detectable cancer cell 로 변화는 과정에 대한 이론. 면역계가 암으로부터 지키는 역할도 하지만, 동시에 면역세포의 공격에서 살아남을 수 있게 tumor 의 development 를 일으키기도 한다는 것. 이는 총 3 가지 단계로 설명 가능한데, Elimination, Equilibrium, Escape 가 그것임. Elimination, Equilibrium, Escape 1) Elimination : 내재 / 후천면역이 잘 작동하고 있는 상태. 이 상태에서는 tumor cell 들이 면역계에 의해서 완전히 제거됨. 2) Equilibrium : 일부 cancer cell .. 개념 정리 2022. 5. 22.