Machine Learning9

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  An automated multi-modal graph-based pipeline for mouse genetic discovery automated multi-modal graph-based pipeline for mouse genetic discovery | Bioinformatics | Oxford Academic (oup.com) automated multi-modal graph-based pipeline for mouse genetic discovery AbstractMotivation. Our ability to identify causative genetic factors for mouse genetic models of human diseases and biomedical traits has been limited by the d academic.oup.com 2022, Bioinformatics Gary Peltz g.. 논문 리뷰/Data & Text mining 2023. 5. 30.

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  [UniProt Challenge] Round 1, 종료. 드디어 8개월간의 여정이 일단락되었다. 포스팅을 주기적으로 하려 했으나 정말 정신이 없었어서 round 1 이 끝난 지금에야 포스팅을 한다! 심지어 이것도 내지 못할 뻔 했는데 일화를 설명하자면, 대회 담당자 : "너 Synapse 에 등록된 것으로 나오긴 하는데, 대회 제출한 흔적이 없어서. 혹시 제출할 생각 있으면 제출 기간 5월까지로 늘려줄게!" 나 : " 11월까지로 연기된 줄 알았어. 그래주면 고맙지. 바로 제출할게. " 로 되어서 어제 Method 정리해서 제출하였다. Round 1 은 성능평가 , Round 2 는 code 평가로 이어지는 대회라서 우선 Round 1 에서 전체적인 성능을 포함하여 Method도 같이 달라고 했다. 모든 대회가 다 그렇듯 prediction file 의 val.. Resources/Personal Projects 2023. 3. 12.

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  [UniProt Challenge] Inferencing test data : 메모리... 메모리... 학습 완료. 드디어 Uniprot binding challenge 의 모델의 학습이 끝났다. 시험보고 하느라 좀 늦어진 것 같긴 한데... 그래도 validation metric 은 괜찮은 듯 하다. 이 대회는 training set : 19만개, test test : 100만개 (...?) 인 대회라, 대회 Kickoff meeting 에서도 말했지만 Uniprot 에서 annotated 되지 않은 protein 들의 binding site 를 조금이라도 예측해보고자 만든 대회다. 문제점 모델 파라미터는 0.6M , 가벼운 모델인데 아무래도 테스트 데이터가 100만개 정도이다 보니 이게 좀 걸림돌이었다. 1) 지금 모델이 아미노산 잔기에 대해서 하나하나 binding ion 과, binding scor.. Resources/Personal Projects 2022. 12. 13.

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  Network-based machine learning approach to predict immunotherapy response in cancer patients Network-based machine learning approach to predict immunotherapy response in cancer patients | Nature Communications Kunyoo Shin & Sanguk Kim Groups Nature communications, 2022 Introduction ICI 를 쓰는 것은 chemo 보다 부작용이 적고, 효과가 길게 감. 하지만 소수의 환자들만이 면역항암요법에 반응한다는 것이 한계임. 따라서 치료 전에 반응을 하는 환자군을 예측하기 위한 바이오마커를 알아내는 것이 중요함. 면역항암요법에 precision medicine 의 적용의 문제점 중 하나는 다른 암 환자군들에서 약물 반응을 예측하기 위해, 면역항암요법을 받은 .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 7. 19.

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  [UniProt Challenge] 0. Start 올해 초였던가, EMBL 페이지를 보다가 UniProt Metal Binding Site Challenge 를 한다는 말을 들어서 신청했었다. 될까? 라는 생각으로 신청을 했는데, 약 5개월 후인 어제 kick-off meeting 이 7월 1일로 정해졌다며 메일이 왔다. 구글 문서로 motivation, goal, data 등을 제공 받았고, 7월 1일부터 스타트해서 연말까지 성능을 제출하는 것이 Round 1 이다. EMBL Uniprot metal binding site prediction challenge 는 총 2 round 로 진행이 되는데, Round 1 : 전체적인 성능 제출, 모델 비교 후 최상위 성능의 프로그램을 고르고, Round 2 : Round 1 에서 뽑힌 프로그램을 튜닝 / 저.. Resources/Personal Projects 2022. 6. 28.

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  On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) * Open Access 가 아니라 Abstract 만 단백질 - 리간드 원자 스케일에서의 결합 강도는 drug discovery 의 초기 단계에서 아직도 큰 과제임. 이 논문에서는 modular message passing GNN 을 이용하여 ligand, protein 의 free, bound state 를 설명하려고 했고, 리간드-단백질의 비공유결합만으로는 설명이 어렵다는 것을 말하고 있다. 간단한 모델들도 training set 에 있.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 10.

• 5월 4주차 1. Algorithm-based care versus usual care for the early recognition and management of complications after pancreatic resection in the Netherlands: an open-label, nationwide, stepped-wedge cluster-randomised trial - The Lancet 2. Universal antigen encoding of T cell activation from high-dimensional cytokine dynamics (science.org) 3. Machine learning-based prediction of relapse in rheumatoid arthr.. 이번 주 논문들 2022. 5. 27.

• 5월 3주차 1. Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature 2. People construct simplified mental representations to plan | Nature 3. Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci | Nature 4. A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice | Nature 5. A knowledge graph to interpret clinical proteomics data | Nature .. 이번 주 논문들 2022. 5. 20.

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  CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer (science.org) Science Advances, 2022. Yunzun Zhou group 일반적으로 쓰는 variant 의 clinical implication / significance 를 보여주는 툴이 너무 많은데, 이들을 비교해 보면 일관되지 않은 결과를 나타내는 경우가 많다. 그래서 통일된 툴에 대한 필요성이 부각되는데, 이 논문에서는 12개의 in-house feature ( annotation ) 과 23개의 external tool output + AMP/ASCO/CAP 201.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16.