머신러닝4

• 5월 3주차 1. Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature 2. People construct simplified mental representations to plan | Nature 3. Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci | Nature 4. A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice | Nature 5. A knowledge graph to interpret clinical proteomics data | Nature .. 이번 주 논문들 2022. 5. 20.

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  CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer (science.org) Science Advances, 2022. Yunzun Zhou group 일반적으로 쓰는 variant 의 clinical implication / significance 를 보여주는 툴이 너무 많은데, 이들을 비교해 보면 일관되지 않은 결과를 나타내는 경우가 많다. 그래서 통일된 툴에 대한 필요성이 부각되는데, 이 논문에서는 12개의 in-house feature ( annotation ) 과 23개의 external tool output + AMP/ASCO/CAP 201.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16.

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  Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment (science.org) Aviv Regev group 2022. Science 1. Barcoding + pooling -> scRNA-seq ; 2. Genotype 에 따른 cell state progression. 3. cNMF 로 expression program 을 7개로 나눔. 4. 각 cell state 별로 program usage , pseudobulk expression, 그에 따른 GSEA 결과. Tumor microenvironment 분석을 위해 mice model 에서 생성된 tumor 를 가지고 와서 sngle.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 14.

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  Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI 2021.11 Scientific reports Michael Schroeder & Ralph Buchert groups I-FP-CIT SPECT 데이터로 파킨슨 병변의 subtype 에 대한 것 구분하려는 논문. neurodegenerative and non‑neurodegenerative parkinsonian syndromes 을 구분하는데 유용하게 쓰일 것. 뇌의 전체 사진, striatum만, striatum 제외 로 각각 모델 만들어서 예측해 봄. → 이 이유는 각각 예측을.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 14.