딥러닝3

• 

  Noninvasive Lung Cancer Early Detection via Deep Methylation Representation Learning Noninvasive Lung Cancer Early Detection via Deep Methylation Representation Learning | Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence 2022, AAAI AnchorDx Medical 기존의 Methylation 을 이용한 cancer detection 방법은 tissue level 의 방법들이 많아서, cfDNA 에 적용하였을 때 discrepancy 가 많았음. 따라서 이 논문에서는 cfDNA ( blood ) -based 방법을 만들고자 함 Dataset : 450K ( Illumina ) microarray Number of samples : 424 ( Train :.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 8. 24.

• 

  Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment (science.org) Aviv Regev group 2022. Science 1. Barcoding + pooling -> scRNA-seq ; 2. Genotype 에 따른 cell state progression. 3. cNMF 로 expression program 을 7개로 나눔. 4. 각 cell state 별로 program usage , pseudobulk expression, 그에 따른 GSEA 결과. Tumor microenvironment 분석을 위해 mice model 에서 생성된 tumor 를 가지고 와서 sngle.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 14.

• 

  Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI 2021.11 Scientific reports Michael Schroeder & Ralph Buchert groups I-FP-CIT SPECT 데이터로 파킨슨 병변의 subtype 에 대한 것 구분하려는 논문. neurodegenerative and non‑neurodegenerative parkinsonian syndromes 을 구분하는데 유용하게 쓰일 것. 뇌의 전체 사진, striatum만, striatum 제외 로 각각 모델 만들어서 예측해 봄. → 이 이유는 각각 예측을.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 14.