Resources/Classes11

• Research scientist 가 되기 위한 여러 강좌들 모음 ahmedbahaaeldin/From-0-to-Research-Scientist-resources-guide: Detailed and tailored guide for undergraduate students or anybody want to dig deep into the field of AI with solid foundation. (github.com) GitHub - ahmedbahaaeldin/From-0-to-Research-Scientist-resources-guide: Detailed and tailored guide for undergraduate students or Detailed and tailored guide for undergraduate students or anybody w.. Resources/Classes 2023. 2. 8.

• CSEP 590B Explainable AI | 자료 공개 SHAP으로 유명한 이수인 교수 연구실에서 XAI 관련한 수업 자료 공개 CSEP 590B (google.com) CSEP 590B General Information Lecture time: Tuesdays, 6:30-9:20 pm Location: Bill & Melinda Gates Center (CSE2) G10 Instructors: Su-In Lee and Ian Covert Teaching assistants: Hugh Chen and Chris Lin Office hours Su-In Lee: Thursdays 5:00-6:00pm @ Zoom Ian Covert: Su sites.google.com Resources/Classes 2023. 1. 26.

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  [EquiDock] 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 LAIDD(Lectures on AI-driven Drug Discovery) - 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 카카오브레인 이유한 박사님 단백질 + 단백질이 붙는 것이 단백질 도킹임 붙을 수 있는 가지수가 너무 많아서, 모든 경우의 수를 고려하는 것은 expensive 함. Docking problem : unbound state 2 개의 단백질을 bound state 상태로 만드는 transformation 찾는 것 임. -> Ligand : 움직이는것, Receptor : 움직이지 않는 것( 고정 ) 문제의 추가적인 단순화 1) Rigid-body Docking problem - bound state 로 변해도 단백질의 구조는 유지된다 - 초기 상태가 다르더라도 붙는 상태는 동일할 것 ( 결과는 한 .. Resources/Classes 2022. 10. 31.

• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Molecular interactions 이 강의는 따로 녹화본이 없다. 하지만 PPI(Protein-Protein interaction) 을 설명한 좋은 slide 가 있어서 이것을 한번 정리해 볼 예정. IntAct_BRPB_course.pptx.pdf - Google Drive IntAct_BRPB_course.pptx.pdf drive.google.com IntAct_Asynchronus exercises_Solutions - Google Docs IntAct_Asynchronus exercises_Solutions Bioinformatics Resources for Protein Biology 2022 IntAct and Complex Portal - solutions Task 1: CFTR - Cystic fibrosis transm.. Resources/Classes 2022. 10. 30.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures - EMDB / EMPAIR Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology (ebi.ac.uk) Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology Trainer: Osman Salih Overview: In this session, you will learn about the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) and the Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR) Learning Outcomes: After this session you should be ab.. Resources/Classes 2022. 10. 30.

• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to PDBe pdbe_api_brpb_slides-1.pdf - Google Drive Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures – AlphaFold DB Introduction to AlphaFold DB 이 강의는 실험적인 것 보다 예측된 구조에 대한 것. 구조 예측에 대한 필요성 : 200M 개의 단백질 서열이 알려져 있지만 그중 일부만 구조가 알려져 있음 50년이나 걸렸음. 이러한 정확성을 가지고 오기까지 3D-Beacons : 구조 DB와 협력해서 하고 있는 프로젝트 중 하나임. 구조 정보는 예측된 구조, 실험적 구조라도 상관 없고, 여러 데이터베이스를 모아서 한 번에 검색할 수 있도록 할 수 있는 프로젝트임. AlphaFold DB - DeepMind - EMBL-EBI, DeepMind 는 협력하고 있음. - 현재 AlphaFold 는 Human proteome 의 99% 를 포함하고 있음 - output은 예측된 좌표, Predicted al.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to sequence classification InterPro : https://www.ebi.ac.uk/interpro/api InterPro Loading the InterPro website, please wait. www.ebi.ac.uk protein, structure, taxonomy, proteome, set ( Pfam ... ) URL structure. /api/[data type]/ Mixing endpoints Sequence classification 은 녹화본이 없어서 자료를 가지고 내가 나름대로 정리해 본 내용 : protein_biology_sequence_classification_2022.pdf - Google Drive 1. Pfam database Pfam database 는 MSA, HMM 를 이용한 prote.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to UniProt Uniprot 데이터를 프로그래밍으로 접근하는 방법에 대한 강의 Programmatic access to UniProt - course - Colaboratory (google.com) 새로운 웹사이트 ( 2월 기준 ) 이 나왔고, 이는 REST API 를 사용한다 import requests, sys, json # Documentation: https://www.ebi.ac.uk/proteins/api/doc/ PROTEINS_API = "https://www.ebi.ac.uk/proteins/api" # not used in this session # Documentation: https://rest.uniprot.org/beta/docs/ WEBSITE_API = "https://rest.unipr.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to the UniProt data resource Bioinformatics resources for protein biology Bioinformatics resources for protein biology | EMBL-EBI Training Course materials Bioinformatics resources for protein biology www.ebi.ac.uk Uniprot : 두가지 종류의 Protein data 존재. - Reviewed vs unreviewed : exprimental 정보가 있으면 Review section 으로 간다. TrEMBL - > Swiss-Prot 으로 가는 과정은 review 과정을 거치느냐 거치지 않느냐를 포함함. 이는 단백질 기능 & 서열 이 출판되었는지, 혹은 전문가에 의해서 리뷰되었는지, i.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  HCLS Summit Korea 2022 2일동안 진행한 행사. 첫날은 회사에 있어서 듣지 못했고, 주말에 유튜브로 들었다. 영상은 여기. First day 서울대병원 + NVIDIA에서 주최한 Healthcare + AI 세미나 . 들은 것 대략 정리한 내용 ( 내가 관심있는 분야만 정리해봄. ) Medical AI 가 어디로 향하는가? Medical AI 분야의 trend : 3가지 정도. - Clinical trial 을 통한 validation 이 이루어지고 있음 : 상용화를 염두에 둔 모델들이 개발되고 있음 - 사람이 하던 형태와 다른 practice 를 개발하려는 process 들이 이루어지고 있음. - Biomarker. ** Clinical validation 이 훨씬 더 중요하다. 이것이 AI 가 의료 영역에 쓰이게 될 때, 중.. Resources/Classes 2022. 5. 8.