Bioinformatics resources for protein biology
Bioinformatics resources for protein biology | EMBL-EBI Training
Course materials Bioinformatics resources for protein biology
www.ebi.ac.uk
Uniprot : 두가지 종류의 Protein data 존재.
- Reviewed vs unreviewed : exprimental 정보가 있으면 Review section 으로 간다.
TrEMBL - > Swiss-Prot 으로 가는 과정은 review 과정을 거치느냐 거치지 않느냐를 포함함. 이는 단백질 기능 & 서열 이 출판되었는지, 혹은 전문가에 의해서 리뷰되었는지, isoform 이 같이 묶여있는지 로 판단됨(하나의 Gene 에 대해).
Uniref
1) Uniref100 : identical sub(sequences)
2) UniRef90 : 90% identical
3) Unifef50 : 50% identical
-> 밑으로 갈수록 redundancy 가 줄어들고 좀 더 Unique 하게 됨
* Quiz
Advanced search 를 이용해서 Human 에서 MTMR1 gene 검색
여기에서
Customize columns 를 누르면 여러가지 정보를 포함하도록 검색 결과를 조절할 수 있음.
예를 들어서 효소활성에 대한 정보를 포함하고 싶으면 function에서 catalyic Activity 를 추가하면 오른쪽과 같은 결과를 얻을 수 있음
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| 왼쪽에서 고를 수 있음. | 추가된 모습 |
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| 효소활성에 대한 정보 | 있는 위치에 대한 정보 |
또한 Feauture viewer 를 누르면 여러가지 정보를 한번에 확인할 수 있음.
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| 여러가지 정보 | 알파폴드로 예측한 구조도 알려줌 | 질병에 대한 variant consequence 도 알려줌 |
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