[EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to the UniProt data resource

Bioinformatics resources for protein biology

Bioinformatics resources for protein biology | EMBL-EBI Training

Uniprot : 두가지 종류의 Protein data 존재.

- Reviewed vs unreviewed : exprimental 정보가 있으면 Review section 으로 간다. 

TrEMBL - > Swiss-Prot 으로 가는 과정은 review 과정을 거치느냐 거치지 않느냐를 포함함. 이는 단백질 기능 & 서열 이 출판되었는지, 혹은 전문가에 의해서 리뷰되었는지, isoform 이 같이 묶여있는지 로 판단됨(하나의 Gene 에 대해).

 

Uniref

1) Uniref100 : identical sub(sequences)

2) UniRef90 : 90% identical 

3) Unifef50 : 50% identical

-> 밑으로 갈수록 redundancy 가 줄어들고 좀 더 Unique 하게 됨

 

* Quiz 

Advanced search 를 이용해서 Human 에서 MTMR1 gene 검색

검색 결과

 

이렇게 Gold sticker 가 붙은 것이 Review 된 protein 임.

여기에서

 

Customize columns 를 누르면 여러가지 정보를 포함하도록 검색 결과를 조절할 수 있음.

예를 들어서 효소활성에 대한 정보를 포함하고 싶으면 function에서 catalyic Activity 를 추가하면 오른쪽과 같은 결과를 얻을 수 있음

왼쪽에서 고를 수 있음.	추가된 모습

 

 

	효소활성에 대한 정보	있는 위치에 대한 정보

 

또한 Feauture viewer 를 누르면 여러가지 정보를 한번에 확인할 수 있음. 

 

여러가지 정보	알파폴드로 예측한 구조도 알려줌	질병에 대한 variant consequence 도 알려줌