Cancer evolution2

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  Synonymous mutations reveal genome-widedriver mutation rates in healthy tissues Synonymous mutations reveal genome-wide driver mutation rates in healthy tissues (biorxiv.org) Nature genetics ( bioarXiv ) , 2021 Blundell group 정상처럼 보이는 조직에서 clonal expansion 을 일으키는 유전적 변이는 암에 대한 위험을 암시한다. 하지만 정상 조직에서 얼마나 clonal expansion 이 일어나는가에 대한 총 비율은 알려져있지 않다. Driver mutation 과 연결되어서 높은 VAF 로 hitchhike 하는 Synonymous passenger mutation에 대한 비율은 genome 상에서 positive selection 의 총 비율로 근사할 수 있.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 27.

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  Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Cancer immunoediting 은 암의 hallmark 임. 이는 림프구가 덜 immunogenic 한 clone 들을 주축으로 만들기 위해 ( dominate 하게 ) immunogenic 한 암세포를 죽이는 것을 말함. 이것이 자연적으로 일어나는지는 Mice 모델에서는 증명되었지만 아직 human cancer 에서는 밝혀지지 않음. 이 논문에서는 70 개의 인간 췌장암이 10년 이상 어떻게 진화되었는지 분석을 진행함. 돌연변이가 축적될 수 있는 시간이 많았음에도 불구하고 primary tumor 에서 t cell activity 가 높았던 췌장.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 22.