Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology (ebi.ac.uk)
Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology
Trainer: Osman Salih Overview: In this session, you will learn about the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) and the Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR) Learning Outcomes: After this session you should be able to: Explain what Cryo-EM is and
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1. Cryo-EM
1) 무엇인가 ?
ET 에서 보이는 것은 phage lambda 에 의해서 생긴 구멍을 보여줌
보통 생각하는 CYRO-EM 은 single-partile cryo-EM 임
-> Cryo-EM 은 2차원 projection 임
-> 이 2차원 데이터를 재구성하여 3차원으로 만드는 것임
2016년에 cryo-EM consortium 이 만들어졌고, 2017년에 3인 공동 수상으로 노벨상 수상.
2018,2019 년에 BBC, Nature 에서 특집으로 다뤘음
2020년에 코로나 Pandemic 때, 구조를 이용해 연구가 많이 이루어졌지만, 별로 효과가 없었음...
Cryo-EM 의 도입으로 ''Blob-ology,, 의 시대는 끝나고 더욱 정교한 구조를 볼 수 있게 되었음.
Cryo-EM 의 소프트웨어 / 알고리즘적 발전
실제로는 샘플들은 매우 다양한 방향과 조성으로 되어있기 때문에 굉장히 다르다.
이를 위해 RELION 이라는 Bayesian approach 가 적용되었는데, 이는 데이터 안에서 샘플 popultation 을 sort out 하는 확률론적 접근을 기반으로 한다.
Databases
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EMPIAR ( 엠파이어 )
데이터가... 굉장히 크다!
1~10TB 데이터가 가장 많은 것을 차지한다
데이터를 사용한 논문들 예시
EMDB
여러가지 확인 가능하다.
이외에도 Volumn map, graph 등을 제공해준다.
이외에도 굉장히 많은 종류의 정보들을 제공해주고, 이들을 다운로드받을 수 있도록도 해준다.
Bioinformatics_Resources_for_Protein_Biology_22022022_OsmanSalih.pdf - Google Drive
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