분류 전체보기212

• Python Argparse 예제들 import argparse parser = argparse.ArgumentParser(prog='myprogram', description='Process some files') # Required arguments parser.add_argument('input', help='The input file') parser.add_argument('output', help='The output file') # Optional arguments parser.add_argument('-v', ' - verbose', action='store_true', help='Enable verbose output') parser.add_argument('-o', ' - overwrite', action='store_tr.. 개발 2023. 1. 5.

• AI in Drug Discovery 2022 AI in Drug Discovery 2022 - A Highly Opinionated Literature Review (practicalcheminformatics.blogspot.com) Resources/Key papers 2023. 1. 5.

• 

  Answers from ChatGPT ChapGPT 가 구글링할 수고를 덜어준다는 이야기가 있어서, 이 게시판에는 가끔씩 ChatGPT 에 물어본 내용 중 유용했던 것들을 올려볼까 한다. Resources/Answers from ChatGPT 2023. 1. 4.

• 1월 1주차 동시성, 병렬, 비동기, 논블럭킹과 컨셉들 :: BlaCk_Log (tistory.com) 동시성, 병렬, 비동기, 논블럭킹과 컨셉들 위 용어들은 모두 빠르게 실행하거나, 빠르게 느끼도록 만들때 주로 사용하는 용어들이다. 많은 사람들이 이미 적어놨으나 저도 한번 동참해보겠습니다. 차이가 있다면 되도록 이미지를 많이 black7375.tistory.com GitHub - openai/openai-cookbook: Examples and guides for using the OpenAI API Morphological Operations for Image Preprocessing in OpenCV, in Detail | by Rashida Nasrin Sucky | Dec, 2022 | Towards Dat.. Resources/Weekly reading list 2023. 1. 2.

• [ML/DL Model visualization] 모델을 시각화해보자. machine learning - How do you visualize neural network architectures? - Data Science Stack Exchange How do you visualize neural network architectures? When writing a paper / making a presentation about a topic which is about neural networks, one usually visualizes the networks architecture. What are good / simple ways to visualize common archite... datascience.stackexchange.com 여기에 굉장히 많은 방법들이 나.. 데이터/Plotting 2022. 12. 14.

• 12월 3주차 옵텔름사의 임상 검증 논문 K202300.pdf (fda.gov) https://optellum.com/clinical-validation/ Resources/Weekly reading list 2022. 12. 13.

• 

  [UniProt Challenge] Inferencing test data : 메모리... 메모리... 학습 완료. 드디어 Uniprot binding challenge 의 모델의 학습이 끝났다. 시험보고 하느라 좀 늦어진 것 같긴 한데... 그래도 validation metric 은 괜찮은 듯 하다. 이 대회는 training set : 19만개, test test : 100만개 (...?) 인 대회라, 대회 Kickoff meeting 에서도 말했지만 Uniprot 에서 annotated 되지 않은 protein 들의 binding site 를 조금이라도 예측해보고자 만든 대회다. 문제점 모델 파라미터는 0.6M , 가벼운 모델인데 아무래도 테스트 데이터가 100만개 정도이다 보니 이게 좀 걸림돌이었다. 1) 지금 모델이 아미노산 잔기에 대해서 하나하나 binding ion 과, binding scor.. Resources/Personal Projects 2022. 12. 13.

• 12월 3주차 Decoding CAR T cell phenotype using combinatorial signaling motif libraries and machine learning | Science 이번 주 논문들 2022. 12. 12.

• 12월 2주차 TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design using open source packages and data | Journal of Cheminformatics | Full Text (biomedcentral.com) 이번 주 논문들 2022. 12. 7.

• [Mutect2 vs Strelka] Somatic mutation 의 차이에 대한 고찰 In Progress: Mutect2 vs Strelka2 First Pass by cansavvy · Pull Request #38 · AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis (github.com) 데이터/Bioinformatics tools 2022. 12. 6.

• 12월 1주차 fastgraphml: A Low-code framework to accelerate the Graph Machine Learning model development process | by Sachin Sharma | Nov, 2022 | Towards Data Science Resources/Weekly reading list 2022. 12. 1.

• 11월 5주차 CRISPR cancer trial success paves the way for personalized treatments (nature.com) Resources/Weekly reading list 2022. 11. 25.