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  5월 2주차 이번 주는 genetics 에서 논문을 많이 고른 편이다. 확실히 sequence-based DL method 로 biological 한 것들을 예측하는 것이 많이 나오는 것 같긴 하다. 작년인가, 올해 초에도 Nat comm. 에 DNA sequence 만으로 NGS 의 depth 예측하는 논문 을 본 적이 있는데, 거기도 모델 학습시킨 데이터라던가, 접근이 좋았던 기억이 난다. 1. The tumor microenvironment (cell.com) 이번 주 첫 논문. 나온지 조금 된 논문이긴 하다만, Tumor microenvironment(TME) 에 대한 지식이 많이 없어서, 읽어 보았다. 교수님 말씀에 따르면, 최근 cancer research 는 tumor 주변에 분포하는 stromal ce.. 이번 주 논문들 2022. 5. 14.

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  Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment (science.org) Aviv Regev group 2022. Science 1. Barcoding + pooling -> scRNA-seq ; 2. Genotype 에 따른 cell state progression. 3. cNMF 로 expression program 을 7개로 나눔. 4. 각 cell state 별로 program usage , pseudobulk expression, 그에 따른 GSEA 결과. Tumor microenvironment 분석을 위해 mice model 에서 생성된 tumor 를 가지고 와서 sngle.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 14.

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  Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI 2021.11 Scientific reports Michael Schroeder & Ralph Buchert groups I-FP-CIT SPECT 데이터로 파킨슨 병변의 subtype 에 대한 것 구분하려는 논문. neurodegenerative and non‑neurodegenerative parkinsonian syndromes 을 구분하는데 유용하게 쓰일 것. 뇌의 전체 사진, striatum만, striatum 제외 로 각각 모델 만들어서 예측해 봄. → 이 이유는 각각 예측을.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 14.

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  HCLS Summit Korea 2022 2일동안 진행한 행사. 첫날은 회사에 있어서 듣지 못했고, 주말에 유튜브로 들었다. 영상은 여기. First day 서울대병원 + NVIDIA에서 주최한 Healthcare + AI 세미나 . 들은 것 대략 정리한 내용 ( 내가 관심있는 분야만 정리해봄. ) Medical AI 가 어디로 향하는가? Medical AI 분야의 trend : 3가지 정도. - Clinical trial 을 통한 validation 이 이루어지고 있음 : 상용화를 염두에 둔 모델들이 개발되고 있음 - 사람이 하던 형태와 다른 practice 를 개발하려는 process 들이 이루어지고 있음. - Biomarker. ** Clinical validation 이 훨씬 더 중요하다. 이것이 AI 가 의료 영역에 쓰이게 될 때, 중.. Resources/Classes 2022. 5. 8.

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  5월 1주차 1. Nonlinear mechanics of human mitotic chromosomes | Nature Nonlinear mechanics of human mitotic chromosomes - Nature A method that uses a combination of optical trapping, fluorescence microscopy and microfluidics to analyse the internal structure of chromosomes shows that there is a distinct nonlinear stiffening of the chromosome in response to tension. www.nature.com condensin + TOP2A gene 에 .. 이번 주 논문들 2022. 5. 8.

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  4월 4주차 1. β-Hydroxybutyrate suppresses colorectal cancer | Nature Here we identify a metabolite signalling pathway that provides actionable insights towards this goal. We perform a dietary screen in autochthonous animal models of CRC and find that ketogenic diets exhibit a strong tumour-inhibitory effect. These properties of ketogenic diets are recapitulated by the ketone body β-hydroxybutyrate (BHB), .. 이번 주 논문들 2022. 5. 1.

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  4월 3주차 1. Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells | Nature chemical stimulation by exposure to small molecules offers an alternative approach that can manipulate cell fate in a simple and highly controllable manner8,9,10. However, human somatic cells are refractory to chemical stimulation owing to their stable epigenome2,11,12 and reduced plasticity13,14; Here we demonst.. 이번 주 논문들 2022. 4. 30.

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  Liquid BIOpsy for MiNimal RESidual DiSease Detection in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (LIONESS)—a personalised circulating tumour DNA analysis in head and neck squamous cell carcinoma Liquid BIOpsy for MiNimal RESidual DiSease Detection in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (LIONESS)—a personalised circulating tumour DNA analysis in head and neck squamous cell carcinoma 2022.02 BJC (IF = 7.6) Inivata Methods personalised assay using deep sequencing of up to 48 primer pairs multiplex PCR and targeted NGS. PCR, with a median value of 14,550 copies. combined with a fixed prim.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 4. 24.