분류 전체보기212 5월 4주차 1. Algorithm-based care versus usual care for the early recognition and management of complications after pancreatic resection in the Netherlands: an open-label, nationwide, stepped-wedge cluster-randomised trial - The Lancet 2. Universal antigen encoding of T cell activation from high-dimensional cytokine dynamics (science.org) 3. Machine learning-based prediction of relapse in rheumatoid arthr.. 이번 주 논문들 2022. 5. 27. [1] Pandas query : 한 번만 써보자! Introduction Pandas 를 사용하여 EDA 를 진행할 때, import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt import os import numpy as np import pandas as pd iris = sns.load_dataset('iris') iris 에서 sepal_length 가 5~6 사이인 row만 뽑고 싶을 때, 보통 이렇게 많이 쓴다. iris[(iris.sepal_length>5) & (iris.sepal_length 데이터/Data Manipulation 2022. 5. 27. Synonymous mutations reveal genome-widedriver mutation rates in healthy tissues Synonymous mutations reveal genome-wide driver mutation rates in healthy tissues (biorxiv.org) Nature genetics ( bioarXiv ) , 2021 Blundell group 정상처럼 보이는 조직에서 clonal expansion 을 일으키는 유전적 변이는 암에 대한 위험을 암시한다. 하지만 정상 조직에서 얼마나 clonal expansion 이 일어나는가에 대한 총 비율은 알려져있지 않다. Driver mutation 과 연결되어서 높은 VAF 로 hitchhike 하는 Synonymous passenger mutation에 대한 비율은 genome 상에서 positive selection 의 총 비율로 근사할 수 있.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 27. PBS (Profile Batch System) 교육 PBS (Profile Batch System) 기본적으로 command line 기반으로 동작 Batch job 을 기본적으로 사용함. 기본적인 qstat 사용방법 # -a -n -s 옵션 붙이면 더 자세한 정보를 확인할 수 있음. qstat -ans qstat -u -ans # 작업 끝난 queue 를 보여줌 qstat -H # 모든 Queue 를 보여줌 qstat -x Chunk 192 코어짜리 job 을 던지고 싶은데, 128코어 CPU 에는 들어가지 않으므로… qsub -l select=3:ncpu=64 이렇게 해야 한다는 것. Slice 나는 것 때문에 chunk 라는 개념이 있음. Place place 조건을 사용하지 않으면 한 군데로 모두 들어감 ( node ) place = free ( .. 개발 2022. 5. 24. Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Cancer immunoediting 은 암의 hallmark 임. 이는 림프구가 덜 immunogenic 한 clone 들을 주축으로 만들기 위해 ( dominate 하게 ) immunogenic 한 암세포를 죽이는 것을 말함. 이것이 자연적으로 일어나는지는 Mice 모델에서는 증명되었지만 아직 human cancer 에서는 밝혀지지 않음. 이 논문에서는 70 개의 인간 췌장암이 10년 이상 어떻게 진화되었는지 분석을 진행함. 돌연변이가 축적될 수 있는 시간이 많았음에도 불구하고 primary tumor 에서 t cell activity 가 높았던 췌장.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 22. Cancer immunoediting Cancer immunoediting Immunoedtiting : normal cell -> clinically detectable cancer cell 로 변화는 과정에 대한 이론. 면역계가 암으로부터 지키는 역할도 하지만, 동시에 면역세포의 공격에서 살아남을 수 있게 tumor 의 development 를 일으키기도 한다는 것. 이는 총 3 가지 단계로 설명 가능한데, Elimination, Equilibrium, Escape 가 그것임. Elimination, Equilibrium, Escape 1) Elimination : 내재 / 후천면역이 잘 작동하고 있는 상태. 이 상태에서는 tumor cell 들이 면역계에 의해서 완전히 제거됨. 2) Equilibrium : 일부 cancer cell .. 개념 정리 2022. 5. 22. 5월 3주차 1. Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature 2. People construct simplified mental representations to plan | Nature 3. Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci | Nature 4. A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice | Nature 5. A knowledge graph to interpret clinical proteomics data | Nature .. 이번 주 논문들 2022. 5. 20. WSL 사용 하여 작업 시 서버와 병행해서 네트워크 드라이브를 마운트 해야 하는 경우 WSL에서 네트워크 드라이브를 마운트하는 경우. 문제의 시작 서버에 피치 못한 사정으로 IDE를 올려서 사용하지 못하는 경우, 좋은 대안이 있다. 로컬에 Jupyter, vscode 등의 IDE 를 설치한 후 네트워크 드라이브를 마운트해서 쓰는 것 인데, WSL 기준으로 마운트 위치인 /mnt/ 에 마운트하면 기존의 서버의 경로와 달라, 서버에서 돌릴 때와 로컬에서 돌릴 때 매번 수정이 필요하다. 해결 방법 우선 나는 Windows 10 환경에서 Raidrive 를 사용하여 sftp를 통해 파일을 access 하고 있다. 현재는 X:\ 에 마운트 되어있는데, 이것을 WSL root directory 에 심볼릭 링크를 만들어서 remote server 와 같은 경로에서 작업해보자. 먼저 WSL 에서 net.. 개발 2022. 5. 17. [1] Seaborn & matplotlib : 마법의 3줄 Rationale 파이썬으로 그림을 그리다 보면, 주로 seaborn, pyplot 을 쓰게 되는데, 뭔가 그림을 조율하고 나면 한번씩 깔끔하지 못하게 보이는 느낌이 있다. 특히 리포트가 나가야 하는 그림일 때, 특히 그 간결성이 강조된다고 생각하는데, 그럴 때 쓸 수 있는 몇가지 트릭이 있다. 내가 쓰는 트릭 중 하나를 소개한다. 만 추가하면 그림이 조금 깔끔해 지는 코드이다. import pandas as pd import numpy as np import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt Seaborn, pyplot 을 이용한 plotting 을 할 때, 나의 그림을 가장 깔끔하게 해주는 마법의 3줄. plt.tight_layout() # Subpl.. 데이터/Plotting 2022. 5. 16. Genetic and chemotherapeutic influences on germline hypermutation Genetic and chemotherapeutic influences on germline hypermutation | Nature 2022, Nature Raheleh Rahbari & Matthew Hurles groups Here we analysed the genome wide sequences of 21,879 families with rare genetic diseases and identified 12 individuals with a hypermutated genome with between two and seven times more de novo single nucleotide variants than expected. In most families (9 out of 12), the .. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16. Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information | Scientific Reports (nature.com) 2015, Scientific Reports Shroeder group Drug 는 타겟단백질에 붙어서 downstream effector 와 상호작용하여 결과적으로는 암세포의 전사체를 perturb 시킴. 이러한 perturbation 은 약물의 타겟같은 source 에 대한 정보를 제공함. 이 논문에서, 우리는 이러한 perturbation 과 단백질 상호작용 네트워크가 약물 타겟과 주요 pathway 들을 밝힐 수 있다는 것을 연구했음. CMap 에 있는 500여개 약물에 대한 systematic .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 16. CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer (science.org) Science Advances, 2022. Yunzun Zhou group 일반적으로 쓰는 variant 의 clinical implication / significance 를 보여주는 툴이 너무 많은데, 이들을 비교해 보면 일관되지 않은 결과를 나타내는 경우가 많다. 그래서 통일된 툴에 대한 필요성이 부각되는데, 이 논문에서는 12개의 in-house feature ( annotation ) 과 23개의 external tool output + AMP/ASCO/CAP 201.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16. 이전 1 ··· 14 15 16 17 18 다음