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• [UniProt Challenge] 1. Kick-off meeting 7/1 에 킥오프 미팅이 있었다. 줌으로 진행했고, 영국시간으로 진행해서 나는 녹화본으로 진행했다. Resources/Personal Projects 2022. 7. 4.

• The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep | Nature Nature, 2022 Walter Paul Weber & Nicola Aceto groups 암의 전이적 확산은 순환하는 종양 세포(CTC)의 haematogenous dissemination (피를 통해 순환계로 흐르는 것)에 의해 이루어진다. 그러나 일반적으로 전이가능한 CTC의 생성을 설명하는 temporal dynamics은 대부분 특징이 없으며, 종종 CTC가 종양에서 지속적으로 제거되거나 자극의 결과로 제거된다고 가정한다. 이 논문에서는 유방암 환자 , mouse 모델 모두에서 대부분의 자발적 CTC Intravasation 이 수면 중에 발생함을 밝힌다. 또한 .. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 7. 3.

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  Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in metastasis Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in metastasis | Nature Nature, 2022 Salvador Aznar Benitah & Michaela Frye Groups Agressive, metastatic cancer 는 metabolic plasticity ( 자신의 metabolic 을 적대적인 환경에 적응시키는 것[1] ) 이 증가된 양상을 보인다. 하지만 이것의 메카니즘에 대해서는 정확히 알려져있지 않다. 이 논문에서는 NOP2/Sum RNA methyltransferase3 dependent modification m5c 와 이것의 derivative 인 f5c 가 어떻게 미토콘드리아 mRNA 의 번역을 dri.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 7. 3.

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  [UniProt Challenge] 0. Start 올해 초였던가, EMBL 페이지를 보다가 UniProt Metal Binding Site Challenge 를 한다는 말을 들어서 신청했었다. 될까? 라는 생각으로 신청을 했는데, 약 5개월 후인 어제 kick-off meeting 이 7월 1일로 정해졌다며 메일이 왔다. 구글 문서로 motivation, goal, data 등을 제공 받았고, 7월 1일부터 스타트해서 연말까지 성능을 제출하는 것이 Round 1 이다. EMBL Uniprot metal binding site prediction challenge 는 총 2 round 로 진행이 되는데, Round 1 : 전체적인 성능 제출, 모델 비교 후 최상위 성능의 프로그램을 고르고, Round 2 : Round 1 에서 뽑힌 프로그램을 튜닝 / 저.. Resources/Personal Projects 2022. 6. 28.

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  Using deep learning to annotate the protein universe Using deep learning to annotate the protein universe | Nature Biotechnology 2022, Nature Biotech Mark A. DePristo & Lucy J. Colwell groups 아미노산 서열과 단백질 기능의 관계를 이해하는 것은 광범위한 과학적, 해석적 의미를 갖는 오랜 과제이다. Alignment-based 의 최신 기법들은 미생물 1/3 단백질의 기능을 예측하지 못해서 이는 다양한 유기체의 데이터를 확용하지 못하게 한다. 이 논문에서는 Pfam 데이터베이스에서 17,929 family 를 사용해서 unaligned amino acid 의 기능을 예측하기 위한 딥러닝 모델을 학습시켰다. 모델은 진화적인 substitution 들 중.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 26.

• 6월 4주차 ; 6월 5주차 ; 7월 1주차 MicroRNA profile in the squamous cell carcinoma: prognostic and diagnostic roles - ScienceDirect MicroRNA profile in the squamous cell carcinoma: prognostic and diagnostic roles Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCCs) are human malignancies associated with both genetic and environmental factors. MicroRNAs (miRNAs) as a… www.sciencedirect.com MicroRNAs and head and neck cancer: Reviewing .. 이번 주 논문들 2022. 6. 26.

• 6월 4주차 Data Tales: Unlikely Plots with Plotly | by Vanessa Ongodi Onyema | MLearning.ai | Jun, 2022 | Medium Data Tales: Unlikely Plots with Plotly In my article about the unlikely plots used for data analysis, I mentioned some plots that we can use for data analysis. The Plotly library… medium.com Grab and Use These Four Useful Seaborn Visualization Templates | by Mintao Wei | Jun, 2022 | Towards Data.. Resources/Weekly reading list 2022. 6. 21.

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  Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature 2022, Nature Vadim Cherezov & Cornelius Gati Groups Abstact GABA transporter 1 ( GAT1 ) 은 synaptic vesicle 에서 inhibitory neurotransmitter GABA 가 분비되었을 때 이것을 synaptic cleft 에서 제거하는 역할로 중추신경계의 흥분을 조절한다. Synaptic cleft 에서 GABA 의 양을 높임으로서 GABA reuptake transporter 를 억제하는 방법은 epilepsy 같은 신경 질환을 치료하기 위한 전략 중 하나이다. 이 논문에서 ,cryo-electron microscopy 를.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 19.

• 6월 3주차 Longitudinal monitoring of disease burden and response using ctDNA from dried blood spots in xenograft models (embopress.org) Signatures of copy number alterations in human cancer | Nature Signatures of copy number alterations in human cancer - Nature A new framework enables a pan-cancer reference set of copy number signatures derived from allele-specific profiles from different experimental ass.. 이번 주 논문들 2022. 6. 17.

• 6월 3주차 The Importance of Theory in Data Science | by Harrison Hoffman | Jun, 2022 | Towards Data Science The Importance of Theory in Data Science Four examples illustrating why it’s crucial for a data scientist to know what they’re doing towardsdatascience.com Little Known Pandas Features. We’ll cover some features you might not… | by Alper Ersin Balcı | May, 2022 | Medium Little Known Pandas Features .. Resources/Weekly reading list 2022. 6. 14.

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  On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) * Open Access 가 아니라 Abstract 만 단백질 - 리간드 원자 스케일에서의 결합 강도는 drug discovery 의 초기 단계에서 아직도 큰 과제임. 이 논문에서는 modular message passing GNN 을 이용하여 ligand, protein 의 free, bound state 를 설명하려고 했고, 리간드-단백질의 비공유결합만으로는 설명이 어렵다는 것을 말하고 있다. 간단한 모델들도 training set 에 있.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 10.

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  [DeepVariant] Creating a universal SNP and small indel variant caller with deep neural networks Creating a universal SNP and small indel variant caller with deep neural networks (biorxiv.org) DeepVariant paper Google biorXiv ( Nat Biotech.), 2018 Variant calling 1) NGS read 는 ref 에 align 됨 2) Align 된 read 에서 ref genome 과 다른 부분을 찾음. 3) 각 candidate site 마다 read 와 ref read 는 pileup image 로 생성되서 저장됨. Pileup image 에는 reads + quality + read feauture 가 한 레이어 당 RGB 의 3차원으로 들어감 4) 훈련된 CNN 모델이 각 ima.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 6. 8.