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• Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN | Science 알파폴드와 로제타폴드같은 딥러닝 접근 방식은 단백질 구조예측을 광범위하게 이용가능하게 했다. 하지만 그 역의 경우 ( 원하는 구조대로 접히는 sequence 를 찾는 것 ) 은 에너지 최적화에 기반을 둔 접근법이 대다수이다. 두 논문에서, 딥러닝을 이용한 단백질 디자인 문제가 다뤄졌다. Dauparas et al. 에서는 ProteinMPNN 이라는 방법을 개발했는데, 그들은 실험적으로 design 을 증명하였고 Rosetta 나 Alphafold 를 사용하여 얻어진 design 중 실패한 design 도 사용가능하게 할 수 있다는 것을 보였다. Wicky et a.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 10. 25.

• NMR-guided directed evolution NMR-guided directed evolution | Nature Directed evolution 은 단백질에 새로운 기능을 부여하고, 기존의 특성을 개선시키는 데 있어서 강력한 도구임. 하지만 small protein 에서조차 directed evolution 의 potential 은 천문학적인 가능한 아미노산 종류 때문에 제한되어있다. 100개의 아미노산 잔기로 이루어진 단백질을 sampling 하는것은 20,100 개의 조합을 요구하고, 이는 실험적 방법으로는 어려운 수치이다. 실제로, 상대적으로 적은 수의 잔기를 수정하는 것은 이미 존재하는 단백질의 repurposing 이나 그의 효율적인 개선, 기능적인 개선에 충분하다. 더 나아가서, 그러한 mutation 들의 위치를 예측하는 전산학적인.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 10. 25.

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  Common and species-specific molecular signatures, networks, and regulators of influenza virus infection in mice, ferrets, and humans Common and species-specific molecular signatures, networks, and regulators of influenza virus infection in mice, ferrets, and humans | Science Advances 인플루엔자 A 바이러스에 따른 분자적인 반응은 포유류 종 마다 다르다. 종특이적 혹은 보존된 분자적 반응을 찾기 위해, 우리는 인간, ferret, mice 로부터 얻어진 blood cells, primary epithelial cells, and lung tissues 의 전사체 데이터의 비교분석을 진행하였다. 인간에서의 분자적인 반응은 ferret 이나 mice 에서 관찰되지 않은 antigen processing을 가지고 있었다. .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 10. 25.

• [Bioinformatics] Qiagen Web CLC Manuals - clcsupport.com (qiagenbioinformatics.com) 개념 정리 2022. 10. 24.

• [Python] Warning 무시하기 import warnings warnings.filterwarnings("ignore") 개발 2022. 10. 24.

• 10월 4주차 Graph Neural Networks as gradient flows | by Michael Bronstein | Oct, 2022 | Towards Data Science Resources/Weekly reading list 2022. 10. 20.

• Graph 자료 모음 Visualize Similarities Between Companies With Graph Database | by Khuyen Tran | Medium Visualize Similarities Between Companies With Graph Database Build and Analyze Graph Database with Neo4j khuyentran1476.medium.com Graphs with Python | by Dmytro Nikolaiev (Dimid) | Towards Data Science Graphs with Python: Overview and Best Libraries Graph analysis, interactive visualizations, and graph machin.. 데이터/Data Manipulation 2022. 10. 20.

• [Python] Missingno Package : Overview of new datasets ResidentMario/missingno: Missing data visualization module for Python. (github.com) 데이터/Data Manipulation 2022. 10. 20.

• 10월 4주차 In vitro neurons learn and exhibit sentience when embodied in a simulated game-world: Neuron (cell.com) Naught all zeros in sequence count data are the same - ScienceDirect 이번 주 논문들 2022. 10. 20.

• [VScode] (Mac) 에서 edit 에서 자꾸 i를 눌러야 수정이 되길래 VScode 사용중에 이상하게만 내 맥에서 i를 눌러야만 수정이 가능한 현상이 나타나서, 어떻게 해결하지 하다가 검색을 했었는데, 결과가 잘 안나왔더랬다. 이상한 검색결과만 나오고. 하지만 오늘 드디어 해법을 찾았다. Visual Studio Code disabling Normal, Edit and Visual Mode - Stack Overflow Visual Studio Code disabling Normal, Edit and Visual Mode In my Visual Studio Code, I need to hit I to enter to the edit mode. Hit Esc for the normal mode. Selecting the word enables the visual mode. I.. 개발 2022. 10. 14.

• [Keras] module 'keras.engine' has no attribute 'Layer' 문제해결 M1 맥에 keras, tf 세팅을 위해 How To Install TensorFlow on M1 Mac (The Easy Way) | by Prabhat Kumar Sahu | Medium How To Install TensorFlow on M1 Mac Install Tensorflow on M1 Mac natively caffeinedev.medium.com 에서 제시하는 대로 깐 후에 이전에 실행시켰던 코드를 실행시키니 module 'keras.engine' has no attribute 'Layer' 가 떴다. 다행히 간단한 해결방법이었는데, 버전 차이로 Module 이 좀 바뀌어서 생긴 문제같다. 해결 방법은 [케라스] add_weight() got multiple values for argum.. 개발 2022. 10. 13.

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  [Pandas] Stratified sampling with pd.DataFrame.sample() pandas.DataFrame.sample — pandas 1.5.0 documentation (pydata.org) pandas.DataFrame.sample — pandas 1.5.0 documentation Default ‘None’ results in equal probability weighting. If passed a Series, will align with target object on index. Index values in weights not found in sampled object will be ignored and index values in sampled object not in weights will be assigned we pandas.pydata.org Pandas 에.. 데이터/Data Manipulation 2022. 10. 13.