Common and species-specific molecular signatures, networks, and regulators of influenza virus infection in mice, ferrets, and humans

Common and species-specific molecular signatures, networks, and regulators of influenza virus infection in mice, ferrets, and humans | Science Advances

인플루엔자 A 바이러스에 따른 분자적인 반응은 포유류 종 마다 다르다. 종특이적 혹은 보존된 분자적 반응을 찾기 위해, 우리는 인간, ferret, mice 로부터 얻어진 blood cells, primary epithelial cells, and lung tissues 의 전사체 데이터의 비교분석을 진행하였다. 

인간에서의 분자적인 반응은 ferret 이나 mice 에서 관찰되지 않은 antigen processing을 가지고 있었다. 3종 간 가장 높게 보존된 유전자 공발현 모듈은 cell cycle, interferon signalling 등의 IAV-유도 pathway 들 이었다. TDRD7 은 IFN-inducibale host factor 로 예측되었는데, 이는 3종에서 up-regulation 되어 있었기 때문이다. TDRD7 은 항바이러스성 IFN 반응에 필요하고, 잠재적으로 JAK/STAT/IRF9 pathway 를 통해 IFN signalling 을 조절한다. 

Figure from original paper

시간적으로 발현되는 gene 의 DEG를 보기 위해  significantly expressed response genes (SRGs) and Jonckheere trend analysis (JTA) to identify significantly up- or down-regulated genes [Jonckheere trend genes (JTGs)] 를 timepoint 별로 봄

From Tissue ( Figure from OG paper )	From Blood ( Figure from OG paper )

 

A functional genomics predictive network model identifies regulators of inflammatory bowel disease | Nature Genetics

> 네트워크 조절자 를 찾는 방법에 대한 논문 방법

 

 

Co-expression analysis 는 MEGENA 로 진행함. 

이것 module 이 굉장히 많이 나오는 듯..?

MEGENA (14) was performed to identify host modules of highly coexpressed genes in influenza infection.