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• 11월 3주차 인공 일반 지능(Artificial General Intelligence, AGI)으로 가 | GeekNews (hada.io) The Information이 뽑은 2022년 가장 유망한 스타트업 50 | GeekNews (hada.io) BioIN(바이오인) Resources/Weekly reading list 2022. 11. 15.

• 11월 2주차 Predicting unseen antibodies’ neutralizability via adaptive graph neural networks | Nature Machine Intelligence Transformer-based protein generation with regularized latent space optimization | Nature Machine Intelligence 이번 주 논문들 2022. 11. 11.

• 10월 5주차 Auto Contrast on SEM image | Pega Devlog (jehyunlee.github.io) Resources/Weekly reading list 2022. 10. 31.

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  [EquiDock] 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 LAIDD(Lectures on AI-driven Drug Discovery) - 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 카카오브레인 이유한 박사님 단백질 + 단백질이 붙는 것이 단백질 도킹임 붙을 수 있는 가지수가 너무 많아서, 모든 경우의 수를 고려하는 것은 expensive 함. Docking problem : unbound state 2 개의 단백질을 bound state 상태로 만드는 transformation 찾는 것 임. -> Ligand : 움직이는것, Receptor : 움직이지 않는 것( 고정 ) 문제의 추가적인 단순화 1) Rigid-body Docking problem - bound state 로 변해도 단백질의 구조는 유지된다 - 초기 상태가 다르더라도 붙는 상태는 동일할 것 ( 결과는 한 .. Resources/Classes 2022. 10. 31.

• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Molecular interactions 이 강의는 따로 녹화본이 없다. 하지만 PPI(Protein-Protein interaction) 을 설명한 좋은 slide 가 있어서 이것을 한번 정리해 볼 예정. IntAct_BRPB_course.pptx.pdf - Google Drive IntAct_BRPB_course.pptx.pdf drive.google.com IntAct_Asynchronus exercises_Solutions - Google Docs IntAct_Asynchronus exercises_Solutions Bioinformatics Resources for Protein Biology 2022 IntAct and Complex Portal - solutions Task 1: CFTR - Cystic fibrosis transm.. Resources/Classes 2022. 10. 30.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures - EMDB / EMPAIR Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology (ebi.ac.uk) Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology Trainer: Osman Salih Overview: In this session, you will learn about the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) and the Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR) Learning Outcomes: After this session you should be ab.. Resources/Classes 2022. 10. 30.

• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to PDBe pdbe_api_brpb_slides-1.pdf - Google Drive Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures – AlphaFold DB Introduction to AlphaFold DB 이 강의는 실험적인 것 보다 예측된 구조에 대한 것. 구조 예측에 대한 필요성 : 200M 개의 단백질 서열이 알려져 있지만 그중 일부만 구조가 알려져 있음 50년이나 걸렸음. 이러한 정확성을 가지고 오기까지 3D-Beacons : 구조 DB와 협력해서 하고 있는 프로젝트 중 하나임. 구조 정보는 예측된 구조, 실험적 구조라도 상관 없고, 여러 데이터베이스를 모아서 한 번에 검색할 수 있도록 할 수 있는 프로젝트임. AlphaFold DB - DeepMind - EMBL-EBI, DeepMind 는 협력하고 있음. - 현재 AlphaFold 는 Human proteome 의 99% 를 포함하고 있음 - output은 예측된 좌표, Predicted al.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to sequence classification InterPro : https://www.ebi.ac.uk/interpro/api InterPro Loading the InterPro website, please wait. www.ebi.ac.uk protein, structure, taxonomy, proteome, set ( Pfam ... ) URL structure. /api/[data type]/ Mixing endpoints Sequence classification 은 녹화본이 없어서 자료를 가지고 내가 나름대로 정리해 본 내용 : protein_biology_sequence_classification_2022.pdf - Google Drive 1. Pfam database Pfam database 는 MSA, HMM 를 이용한 prote.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to UniProt Uniprot 데이터를 프로그래밍으로 접근하는 방법에 대한 강의 Programmatic access to UniProt - course - Colaboratory (google.com) 새로운 웹사이트 ( 2월 기준 ) 이 나왔고, 이는 REST API 를 사용한다 import requests, sys, json # Documentation: https://www.ebi.ac.uk/proteins/api/doc/ PROTEINS_API = "https://www.ebi.ac.uk/proteins/api" # not used in this session # Documentation: https://rest.uniprot.org/beta/docs/ WEBSITE_API = "https://rest.unipr.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to the UniProt data resource Bioinformatics resources for protein biology Bioinformatics resources for protein biology | EMBL-EBI Training Course materials Bioinformatics resources for protein biology www.ebi.ac.uk Uniprot : 두가지 종류의 Protein data 존재. - Reviewed vs unreviewed : exprimental 정보가 있으면 Review section 으로 간다. TrEMBL - > Swiss-Prot 으로 가는 과정은 review 과정을 거치느냐 거치지 않느냐를 포함함. 이는 단백질 기능 & 서열 이 출판되었는지, 혹은 전문가에 의해서 리뷰되었는지, i.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

• 10월 5주차 Discovering faster matrix multiplication algorithms with reinforcement learning | Nature Discovering faster matrix multiplication algorithms with reinforcement learning - Nature A reinforcement learning approach based on AlphaZero is used to discover efficient and provably correct algorithms for matrix multiplication, finding faster algorithms for a variety of matrix sizes. www.nature.com Inferr.. 이번 주 논문들 2022. 10. 25.