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  APOBEC mutagenesis is a common process in normal human small intestine APOBEC mutagenesis is a common process in normal human small intestine | Nature Genetics 2023, Nature genetics Simon James Alexander Buczacki & Michael R. Stratton APOBEC Mutational signature SBS2와 SBS13은 많은 인간 암 유형에서 일반적임 하지만 정상 세포에서 암 세포로의 진행될 때 만약 APOBEC 효소가 관여되어 있는 경우라면 조금 다른 이야기가 될 수도 있음. 여기서 우리는 39명의 소장에서 342개의 미세하게 분리된 정상 Crypt cell 을 WGS 했고 SBS2/SBS13 돌연변이가 대부분의 다른 정상 조직보다 더 빈번하게 17%의 Cr.. 논문 리뷰/Abstract only 2023. 2. 13.

• [Archive] DL model in Android 1. 모바일 기기용 AI 프로젝트 모음 (Awesome Tensorflow Lite) | Smilegate.AI 2. OpenCV 강좌 - 안드로이드 폰에서 딥러닝 네트워크(deep learning network) 실행하기 (Caffe) - 멈춤보단 천천히라도 (tistory.com) 3. 모바일 기기용 AI 프로젝트 모음 (Awesome Tensorflow Lite) | Smilegate.AI Resources/Hands-on 실습 자료 2023. 2. 10.

• 2월 2주차 Single-cell spatial landscapes of the lung tumour immune microenvironment | Nature Large language models generate functional protein sequences across diverse families | Nature Biotechnology Integration of artificial intelligence in lung cancer: Rise of the machine: Cell Reports Medicine APOBEC mutagenesis is a common process in normal human small intestine | Nature Genetics Multi-ancestry transc.. 이번 주 논문들 2023. 2. 10.

• 2월 2주차 6. ResNet50 Transfer learning & fine tuning 적용하기(이미지 수집부터 분류 모델까지) (tistory.com) 6. ResNet50 Transfer learning & fine tuning 적용하기(이미지 수집부터 분류 모델까지) 이 포스팅은 아래 흐름대로 진행되는 포스팅입니다. 데이터 수집 - 전처리 - 모델링 - 성능 개선 이 포스팅에서 저는 직접 이미지를 크롤링하여 수집하고(링크1), 수집한 이미지를 정리하고(링크2 inhovation97.tistory.com [딥러닝 일지] 오프라인에서 파이토치 모델 불러오기 (joonas.io) [딥러닝 일지] 오프라인에서 파이토치 모델 불러오기 이전 글 - [딥러닝 일지] Conv2d 알아보기 오류 메시지 VGG 같은 모델을 .. Resources/Weekly reading list 2023. 2. 8.

• Research scientist 가 되기 위한 여러 강좌들 모음 ahmedbahaaeldin/From-0-to-Research-Scientist-resources-guide: Detailed and tailored guide for undergraduate students or anybody want to dig deep into the field of AI with solid foundation. (github.com) GitHub - ahmedbahaaeldin/From-0-to-Research-Scientist-resources-guide: Detailed and tailored guide for undergraduate students or Detailed and tailored guide for undergraduate students or anybody w.. Resources/Classes 2023. 2. 8.

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  다양한 input size 의 미니배치 학습을 위한 custom collate function import torch def collate_fn(batch): # Find the largest width and height in the batch max_width = max(tensor.shape[2] for tensor in batch) max_height = max(tensor.shape[1] for tensor in batch) # Resize all tensors in the batch to the size of the largest width and height resized_batch = [] for tensor in batch: resized_tensor = torch.zeros((tensor.shape[0], max_height, max_width), dtype=tensor.dtyp.. Resources/Answers from ChatGPT 2023. 2. 6.

• [Pytorch] Batch size 무시한 채 하나만 test 하고 싶은 경우 [Deep Learning] [Pytorch] ValueError: Expected more than 1 value per channel when training, got input size torch.Size([1, 512, 1, 1]) - model.eval()로 해결 ! (tistory.com) [Deep Learning] [Pytorch] ValueError: Expected more than 1 value per channel when training, got input size torch.Size([1, 512, 1 에러 발생 상황 : 1) Resnet 에 배치사이즈 100으로 이미지 데이터를 학습 시켰다. 2) 모델 학습이 완료된 후 학습한 모델에 1개의 테스트 인풋을 넣고 예측값을 확인하려.. 데이터/Data Manipulation 2023. 2. 3.

• 2월 1주차 1. 음악 작곡과 AI - LG AI research [ISMIR / NeurIPS 2022] Symbolic Music Motif Generation | LG AI (lgresearch.ai) Resources/Weekly reading list 2023. 2. 1.

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  Interpretable deep learning model to predict the molecular classification of endometrial cancer from haematoxylin and eosin-stained whole-slide images Interpretable deep learning model to predict the molecular classification of endometrial cancer from haematoxylin and eosin-stained whole-slide images: a combined analysis of the PORTEC randomised trials and clinical cohorts 2023, The Lancet Digital Health 딥러닝 모델은 크게 4가지 단계로 구성됨. 구축된 딥러닝 모델인 im4MEC 의 처리과정 A. Whole slide image (WSI) 의 전처리. B. tile-level morphological features 을 학습시키기 위해 Feature e.. 논문 리뷰/Histology 2023. 1. 27.

• [Archive] 주가 관련 프로젝트 모음 1. 칼만 필터를 이용한 주가의 실제 평균 구하기 ( Smoothing ) Kalman filter. The Kalman filter updates its estimates… | by Chaudhari Abhishek | Jan, 2023 | Medium The Kalman filter is an algorithm that tracks an object in state space. The Kalman filter updates its estimates at every time step so it’s useful for estimating rolling parameters. Quants use it to smooth… medium.com Resources/Hands-on 실습 자료 2023. 1. 27.

• [Archive] 핸즈온 추천시스템 구현 아카이빙 1. Tensorflow 를 이용한 Embedding-Based 추천시스템 구현 Introduction to Embedding-Based Recommender Systems | by Dr. Robert Kübler | Jan, 2023 | Towards Data Science Introduction to Embedding-Based Recommender Systems Learn to build a simple recommender in TensorFlow towardsdatascience.com 2. Amazon 제품들에 대한 추천시스템 구축하기 | 코사인 유사도 Building a Recommender System for Amazon Products with Python | by Giovanni Val.. Resources/Hands-on 실습 자료 2023. 1. 27.

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  Molecular residual disease and efficacy of adjuvant chemotherapy in patients with colorectal cancer Molecular residual disease and efficacy of adjuvant chemotherapy in patients with colorectal cancer | Nature Medicine 2023, Nature Medicine Natera 사가 일본에서 진행한 GALAXY 연구에 대한 논문. Figure 위주로 간략하게 정리해보았다. Blood : 수술 전, 수술 후 (1 ,3, ... months ) 로 나눠서 monitoring Tissue : 수술 시 resection 한 것을 가지고 WES. Natera 사의 Signatera 제품을 이용해 16개까지의 SNV 만 고른 후 환자 개별적으로 assay 디자인하여 사용 (Tumor-informed assay) . 그룹을 나눌 때.. 논문 리뷰/Other topics 2023. 1. 27.