분류 전체보기212

• 3월 5주차 [Contrastive Learning] Contrastive Learning이란 (tistory.com) Resources/Weekly reading list 2023. 3. 31.

• 

  [Hist2Mol] Histology <-> Anti-cancer Drugs conversion using VAE Gex2SGen: Designing Drug-like Molecules from Desired Gene Expression Signatures | Journal of Chemical Information and Modeling (acs.org) 3/27 에 JCIM 에서 나온 논문. 이 논문에서는 Gene expression - > Molecule 로 가는 VAE 모델을 학습했는데, 그렇다면 Histology 를 이용하여, 항암치료나 anti-cancer drug 에 대한 영향이 있을 것이므로, 이에 대한 비슷한 약을 디자인하는 연구를 진행할 수도 있지 않을까 라는 것에 대한 생각. Chemotherapy responder, non-responder 따라서 drug response 와 survival 이.. Resources/Personal Projects 2023. 3. 29.

• 

  Metabolic memory underlying minimal residual disease in breast cancer Metabolic memory underlying minimal residual disease in breast cancer | Molecular Systems Biology (embopress.org) EMBL, Martin Jechlinger Group 2021, Molecular Systems Biology Abstract - 치료제 저항성 세포들 ( Minimal residual disease ) 로 인한 암 재발 은 유방암 관련 사망에 많은 부분을 차지하지만 그들의 분자적 특성에 대해서는 많이 알려져있지 않다. -이 논문에서는 organoid에서 얻어진 multi-omics 데이터의 대사적 모델링을 통해 MRD 의 대사적, 조절적인 특이성을 알아내고자 했다. - 저항성 세포들은 비증식성 표현형을.. 논문 리뷰/Other topics 2023. 3. 28.

• [Uniprot Challenge] SVM model metric Accuracy = 0.97 AUC ( Micro ) = 0.98 Recall ( Micro ) = 0.97 F1 ( Micro ) = 0.97 Precision ( Micro ) = 0.97 AUC ( Macro ) = 0.91 Recall ( Macro ) = 0.82 F1 ( Macro ) = 0.84 Precision ( Macro ) = 0.88 Resources/Personal Projects 2023. 3. 24.

• 

  Network‐based visualisation reveals new insights into transposable element diversity Network‐based visualisation reveals new insights into transposable element diversity | Molecular Systems Biology (embopress.org) 2021, Molecular Systems Biology Peter Sarkies Lab Abstact - 전이인자(TE)는 진핵생물의 유전체에 널리 분포해있지만, 종 간 구성은 다양하지만, 다양성을 이루는 인자들은 아직 많이 알려져있지 않음 - 전이인자의 진화를 이해하는것은 어려운데, 이는 전이인자의 서열이 빠르게 분화하고, conventional 하지 않은 방법인 horizontal gene transfer 를 통해서도 전파되기 때문 - 이 논문에서는 다른 유전체에서의 네트.. 논문 리뷰/Systems biology 2023. 3. 22.

• 

  Evolutionary-scale prediction of atomic-level protein structure with a language model Evolutionary-scale prediction of atomic-level protein structure with a language model | Science 2023, Science Alexander Rives ( Meta AI ) Group Abstract 다중 서열 정렬에 존재하는 진화적 정보를 이용한 단백질 구조 예측 기계학습 방법론을 이용해서 정확한 예측 정보를 얻을 수 있었지만, 단일 서열을 가지고 예측하는 것은 아직 어려움. 이 논문에서는 transformer 단백질 언어 모델을 사용하여 원자 수준의 구조까지 예측하는 ESMfold 를 만들었고, 이는 정렬기반 모델만큼 정확하고 상대적으로 빠름. MSA 기반의 모델인 AlphaFold 나 Rosetta 는 비슷한 protein 을.. 논문 리뷰/Protein 2023. 3. 21.

• 

  Cell-to-cell and type-to-type heterogeneity of signaling networks: insights from the crowd Cell‐to‐cell and type‐to‐type heterogeneity of signaling networks: insights from the crowd Single Cell Signaling in Breast Cancer Challenge - syn20366914 - Wiki (synapse.org) Method Description 2021, Molecular systems biology Dream Challenge , Julio Saez-Rodriguez group Abstract Dream challenge : 의생명분야 국제대회. 여러 생명현상들에 대해 문제해결을 위한 대회. 기술의 발전은 개별 세포에서 많은 수의 단백질의 상태를 측정할 수 있게 해주는데, 이는 세포, 세포 특성까지 이.. 논문 리뷰/Systems biology 2023. 3. 20.

• 3월 4주차 Molecular Systems Biology ( 2021 - 2023.01 ) Archiving Competitive dCas9 binding as a mechanism for transcriptional control | Molecular Systems Biology (embopress.org) Cell‐to‐cell and type‐to‐type heterogeneity of signaling networks: insights from the crowd | Molecular Systems Biology (embopress.org) A highly multiplexed quantitative phosphosite assay for biology and preclinical studies | Molec.. 이번 주 논문들 2023. 3. 20.

• 

  Direct prediction of Homologous Recombination Deficiency from routine histology in ten different tumor types with attention-based Multiple Instance Learning: a development and validation study Direct prediction of Homologous Recombination Deficiency from routine histology in ten different tumor types with attention-based Multiple Instance Learning: a development and validation study Nadina Ortiz Bruechle, Jakob Nikolas Kather Groups 2023, medRxiv Abstact Homologous Recombination Deficiency (HRD)는 PARP inhibitor 치료제 수혜를 받을 수 있는 환자군을 가리는 데 사용되 는 pan-cancer 바이오마커임. PARPi 치료제로 인한 DFS 개선은 .. 논문 리뷰/Histology 2023. 3. 17.

• 3월 3주차 Smartphone-based platforms implementing microfluidic detection with image-based artificial intelligence | Nature Communications Direct prediction of Homologous Recombination Deficiency from routine histology in ten different tumor types with attention-based Multiple Instance Learning: a development and validation study (medrxiv.org) Spatial epigenome–transcriptome co-profiling of mammalian tissu.. 이번 주 논문들 2023. 3. 16.

• [Letter of motivation] Clinical artificial intelligence GPT-4 가 새로 나왔다고 해서, 한번 써달라고 해봤다. 나는 현재 ChatGPT Plus 를 이용중인데, 이것과 비교해봤을 때 월등한 글쓰기를 보여준다. 더보기 [Your Name] [Your Address] [City, State, ZIP Code] [Email Address] [Today's Date] [Recipient's Name] [Doctorate Admissions Committee] [University Name] [University Address] [City, State, ZIP Code] Subject: Letter of Motivation for Doctorate Program in Clinical Artificial Intelligence Dear [Recipient's Nam.. Resources/Answers from ChatGPT 2023. 3. 16.

• 3월 3주차 Simulating Physical Systems with Python | by Nick Hemenway | Mar, 2023 | Towards Data Science Resources/Weekly reading list 2023. 3. 16.