[Hist2Mol] Histology <-> Anti-cancer Drugs conversion using VAE

Gex2SGen: Designing Drug-like Molecules from Desired Gene Expression Signatures | Journal of Chemical Information and Modeling (acs.org)

3/27 에 JCIM 에서 나온 논문. 이 논문에서는 Gene expression - > Molecule 로 가는 VAE 모델을 학습했는데, 

 

그렇다면 Histology 를 이용하여, 항암치료나 anti-cancer drug 에 대한 영향이 있을 것이므로, 이에 대한 비슷한 약을 디자인하는 연구를 진행할 수도 있지 않을까 라는 것에 대한 생각. 

 

 

 

Chemotherapy responder, non-responder 따라서 drug response 와 survival 이 다르므로, 

이를 이용해서 다른 drug design 을 얻어내는 것도 가능할 듯. 

 

AE + GNN 공부하면서 사용해보는 것은 어떨까 ? 

 

프로젝트 이름은 Hist2Mol 

 

 

Reference : 

https://www.cancerimagingarchive.net/collections/

Gex2SGen: Designing Drug-like Molecules from Desired Gene Expression Signatures | Journal of Chemical Information and Modeling (acs.org)

Pathology in drug discovery and development - PubMed (nih.gov)

Histology-agnostic drug development — considering issues beyond the tissue | Nature Reviews Clinical Oncology

PaccMann, Computational systems biology, IBM Research Zurich