[UniProt Challenge] MMseqs2 : 10,000x faster BLAST & profile generator

BLAST 보다 10,000x 빠른 searching algorithm.

C 로 짜여졌고 마틴 슈타이네거 교수님 논문.

17' Nat. Biotech 에 나온 툴로, 상당히 빠르긴 하다.

근데 문제는 내가 Many-for-many algorithm 이 아니라, One-for-many algorithm 을 사용해 query 각각의 PSSM 을 구해야 한다는 것.

어제 두 개를 비교해 보니 비슷한 느낌이긴 한데, 아마 DB 가 너무 커서 그럴수도 있어서 오늘 좀 더 작은 것으로 바꿔 볼 예정이다.

 이하 내가 사용했던 부분 발췌.

 

MMseqs2 User Guide

soedinglab/MMseqs2: MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite (github.com)

GitHub - soedinglab/MMseqs2: MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite

 

Microsoft Word - chapterBLAST2018.docx (vcu.edu)

Image from mentioned link