논문 리뷰55 Exploring the computational methods for protein-ligand binding site prediction (2) Exploring the computational methods for protein-ligand binding site prediction - ScienceDirect 2) Template similarity-based LBS prediction method 단백질의 3차구조는 geometry, energy 에 대한 단서를 제공해서 단백질 하나의 구조만으로 LBS 예측을 가능하게 한다. 만약 단백질이 독립적인 분자가 아닌 다른 분자들로부터 생겨난 것이라는 것을 가정한다면, 구조적/기능적인 정보들은 homologous 하거나 구조적으로 비슷한 단백질들에서 전달받을 수 있을 것. 이를 이용하면 target protein 의 LBS prediction 은 알려진 protein 들을 template 으로 사용.. 논문 리뷰/Protein 2022. 7. 7. Exploring the computational methods for protein-ligand binding site prediction (1) Exploring the computational methods for protein-ligand binding site prediction - ScienceDirect 2020, Computational and structural biotechnology Le Zhang Group Inter-molecular interaction 은 단백질의 아미노산 잔기의 특정 위치를 통해 일어나는데, 이 위치들은 보통 pocket-like region 에 위치해 있음. 이 위치들은 LBS ( Ligand-binding site ) 라고 부름. CASP, CAMEO, CAFA, PDB, BioLip 등의 등장은 하나의 standard evaluation 을 제공했음. BioLip 에서 제공하는 정의에 의하면, 리간드.. 논문 리뷰/Protein 2022. 7. 7. The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep | Nature Nature, 2022 Walter Paul Weber & Nicola Aceto groups 암의 전이적 확산은 순환하는 종양 세포(CTC)의 haematogenous dissemination (피를 통해 순환계로 흐르는 것)에 의해 이루어진다. 그러나 일반적으로 전이가능한 CTC의 생성을 설명하는 temporal dynamics은 대부분 특징이 없으며, 종종 CTC가 종양에서 지속적으로 제거되거나 자극의 결과로 제거된다고 가정한다. 이 논문에서는 유방암 환자 , mouse 모델 모두에서 대부분의 자발적 CTC Intravasation 이 수면 중에 발생함을 밝힌다. 또한 .. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 7. 3. Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in metastasis Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in metastasis | Nature Nature, 2022 Salvador Aznar Benitah & Michaela Frye Groups Agressive, metastatic cancer 는 metabolic plasticity ( 자신의 metabolic 을 적대적인 환경에 적응시키는 것[1] ) 이 증가된 양상을 보인다. 하지만 이것의 메카니즘에 대해서는 정확히 알려져있지 않다. 이 논문에서는 NOP2/Sum RNA methyltransferase3 dependent modification m5c 와 이것의 derivative 인 f5c 가 어떻게 미토콘드리아 mRNA 의 번역을 dri.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 7. 3. Using deep learning to annotate the protein universe Using deep learning to annotate the protein universe | Nature Biotechnology 2022, Nature Biotech Mark A. DePristo & Lucy J. Colwell groups 아미노산 서열과 단백질 기능의 관계를 이해하는 것은 광범위한 과학적, 해석적 의미를 갖는 오랜 과제이다. Alignment-based 의 최신 기법들은 미생물 1/3 단백질의 기능을 예측하지 못해서 이는 다양한 유기체의 데이터를 확용하지 못하게 한다. 이 논문에서는 Pfam 데이터베이스에서 17,929 family 를 사용해서 unaligned amino acid 의 기능을 예측하기 위한 딥러닝 모델을 학습시켰다. 모델은 진화적인 substitution 들 중.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 26. Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature Structural basis of GABA reuptake inhibition | Nature 2022, Nature Vadim Cherezov & Cornelius Gati Groups Abstact GABA transporter 1 ( GAT1 ) 은 synaptic vesicle 에서 inhibitory neurotransmitter GABA 가 분비되었을 때 이것을 synaptic cleft 에서 제거하는 역할로 중추신경계의 흥분을 조절한다. Synaptic cleft 에서 GABA 의 양을 높임으로서 GABA reuptake transporter 를 억제하는 방법은 epilepsy 같은 신경 질환을 치료하기 위한 전략 중 하나이다. 이 논문에서 ,cryo-electron microscopy 를.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 19. On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks On the Frustration to Predict Binding Affinities from Protein–Ligand Structures with Deep Neural Networks | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) * Open Access 가 아니라 Abstract 만 단백질 - 리간드 원자 스케일에서의 결합 강도는 drug discovery 의 초기 단계에서 아직도 큰 과제임. 이 논문에서는 modular message passing GNN 을 이용하여 ligand, protein 의 free, bound state 를 설명하려고 했고, 리간드-단백질의 비공유결합만으로는 설명이 어렵다는 것을 말하고 있다. 간단한 모델들도 training set 에 있.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 6. 10. [DeepVariant] Creating a universal SNP and small indel variant caller with deep neural networks Creating a universal SNP and small indel variant caller with deep neural networks (biorxiv.org) DeepVariant paper Google biorXiv ( Nat Biotech.), 2018 Variant calling 1) NGS read 는 ref 에 align 됨 2) Align 된 read 에서 ref genome 과 다른 부분을 찾음. 3) 각 candidate site 마다 read 와 ref read 는 pileup image 로 생성되서 저장됨. Pileup image 에는 reads + quality + read feauture 가 한 레이어 당 RGB 의 3차원으로 들어감 4) 훈련된 CNN 모델이 각 ima.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 6. 8. People construct simplified mental representations to plan People construct simplified mental representations to plan | Nature * Open Access 가 아니라서 Abstract 만 인간의 인지능력 중 가장 특이한 요소는 계획을 하는 능력 이다. 인간의 계획능은 두가지 측면이 있는데, 효율성과 유연성이 그것이다. 효율성은, 사람들은 복잡한 환경속에서 일정이 존재할지라도 제한된 인지 자원 을 이용해서 매일의 계획에 대한 답을 찾는다는 접에서 특히 인상적이다. 심리학, 경제학, 인공지능은 인간 계획의 성공은 사람들이 어떠한 일에 대한 완전한 표현(task representation)을 가지고 있고, 경험적인 것을 기반으로 해서 미래에 대한 계획을 세운다고 설명한다. 하지만, 이런 접근은 일반적으로 task r.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 5. 29. A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice | Nature 2022, Nature Jonathan K. Pritchard & Kelley Harris groups * Open Aceess 가 아니라서 Abstract만 Germline mutation rate 은 종마다 비율도 틀리고 양상도 틀리지만, 돌연변이율에 대한 유전적 공통 modifier 는 아직 밝혀진바가 없다. 이 논문에서는, panel of recombinant inbred mouse lines known as the BXD 를 사용하여 germline mutagenesis 에 영향을 미치는 loci를 찾으려고 했다. 각각의 BXD lineage 는 Brother.. 논문 리뷰/Abstract only 2022. 5. 29. The genomic origins of the world’s first farmers The genomic origins of the world’s first farmers: Cell 2022, Cell Excoffier group HG : Hunter-gatherer LGM : Last glacial maximum ( 후기 최대 빙하기 ) EF : European farmer Admixture : 고립되어있던 genetic lineage 가 섞이는 것. 유럽과 서남아시아 Neolithic farming population의 정확한 유전적 기원, 분화된 시간대 등은 대개 알려져 있지 않다. High-quality 고대 genome 의 demogenomic 분석을 통해 Anatolia 와 유럽의 초기 농부들이 서남아시아 인구의 Multiphase mixing 과 더불어 LGM 이후 bott.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 29. Synonymous mutations reveal genome-widedriver mutation rates in healthy tissues Synonymous mutations reveal genome-wide driver mutation rates in healthy tissues (biorxiv.org) Nature genetics ( bioarXiv ) , 2021 Blundell group 정상처럼 보이는 조직에서 clonal expansion 을 일으키는 유전적 변이는 암에 대한 위험을 암시한다. 하지만 정상 조직에서 얼마나 clonal expansion 이 일어나는가에 대한 총 비율은 알려져있지 않다. Driver mutation 과 연결되어서 높은 VAF 로 hitchhike 하는 Synonymous passenger mutation에 대한 비율은 genome 상에서 positive selection 의 총 비율로 근사할 수 있.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 27. 이전 1 2 3 4 5 다음