논문 리뷰55

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  Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Neoantigen quality predicts immunoediting in survivors of pancreatic cancer | Nature Cancer immunoediting 은 암의 hallmark 임. 이는 림프구가 덜 immunogenic 한 clone 들을 주축으로 만들기 위해 ( dominate 하게 ) immunogenic 한 암세포를 죽이는 것을 말함. 이것이 자연적으로 일어나는지는 Mice 모델에서는 증명되었지만 아직 human cancer 에서는 밝혀지지 않음. 이 논문에서는 70 개의 인간 췌장암이 10년 이상 어떻게 진화되었는지 분석을 진행함. 돌연변이가 축적될 수 있는 시간이 많았음에도 불구하고 primary tumor 에서 t cell activity 가 높았던 췌장.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 22.

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  Genetic and chemotherapeutic influences on germline hypermutation Genetic and chemotherapeutic influences on germline hypermutation | Nature 2022, Nature Raheleh Rahbari & Matthew Hurles groups Here we analysed the genome wide sequences of 21,879 families with rare genetic diseases and identified 12 individuals with a hypermutated genome with between two and seven times more de novo single nucleotide variants than expected. In most families (9 out of 12), the .. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16.

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  Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information | Scientific Reports (nature.com) 2015, Scientific Reports Shroeder group Drug 는 타겟단백질에 붙어서 downstream effector 와 상호작용하여 결과적으로는 암세포의 전사체를 perturb 시킴. 이러한 perturbation 은 약물의 타겟같은 source 에 대한 정보를 제공함. 이 논문에서, 우리는 이러한 perturbation 과 단백질 상호작용 네트워크가 약물 타겟과 주요 pathway 들을 밝힐 수 있다는 것을 연구했음. CMap 에 있는 500여개 약물에 대한 systematic .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 16.

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  CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer CancerVar: An artificial intelligence–empowered platform for clinical interpretation of somatic mutations in cancer (science.org) Science Advances, 2022. Yunzun Zhou group 일반적으로 쓰는 variant 의 clinical implication / significance 를 보여주는 툴이 너무 많은데, 이들을 비교해 보면 일관되지 않은 결과를 나타내는 경우가 많다. 그래서 통일된 툴에 대한 필요성이 부각되는데, 이 논문에서는 12개의 in-house feature ( annotation ) 과 23개의 external tool output + AMP/ASCO/CAP 201.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 16.

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  Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment Stepwise-edited, human melanoma models reveal mutations’ effect on tumor and microenvironment (science.org) Aviv Regev group 2022. Science 1. Barcoding + pooling -> scRNA-seq ; 2. Genotype 에 따른 cell state progression. 3. cNMF 로 expression program 을 7개로 나눔. 4. 각 cell state 별로 program usage , pseudobulk expression, 그에 따른 GSEA 결과. Tumor microenvironment 분석을 위해 mice model 에서 생성된 tumor 를 가지고 와서 sngle.. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 14.

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  Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI Data-driven identification of diagnostically useful extrastriatal signal in dopamine transporter SPECT using explainable AI 2021.11 Scientific reports Michael Schroeder & Ralph Buchert groups I-FP-CIT SPECT 데이터로 파킨슨 병변의 subtype 에 대한 것 구분하려는 논문. neurodegenerative and non‑neurodegenerative parkinsonian syndromes 을 구분하는데 유용하게 쓰일 것. 뇌의 전체 사진, striatum만, striatum 제외 로 각각 모델 만들어서 예측해 봄. → 이 이유는 각각 예측을.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 5. 14.

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  Liquid BIOpsy for MiNimal RESidual DiSease Detection in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (LIONESS)—a personalised circulating tumour DNA analysis in head and neck squamous cell carcinoma Liquid BIOpsy for MiNimal RESidual DiSease Detection in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (LIONESS)—a personalised circulating tumour DNA analysis in head and neck squamous cell carcinoma 2022.02 BJC (IF = 7.6) Inivata Methods personalised assay using deep sequencing of up to 48 primer pairs multiplex PCR and targeted NGS. PCR, with a median value of 14,550 copies. combined with a fixed prim.. 논문 리뷰/Other topics 2022. 4. 24.