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• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to PDBe pdbe_api_brpb_slides-1.pdf - Google Drive Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures – AlphaFold DB Introduction to AlphaFold DB 이 강의는 실험적인 것 보다 예측된 구조에 대한 것. 구조 예측에 대한 필요성 : 200M 개의 단백질 서열이 알려져 있지만 그중 일부만 구조가 알려져 있음 50년이나 걸렸음. 이러한 정확성을 가지고 오기까지 3D-Beacons : 구조 DB와 협력해서 하고 있는 프로젝트 중 하나임. 구조 정보는 예측된 구조, 실험적 구조라도 상관 없고, 여러 데이터베이스를 모아서 한 번에 검색할 수 있도록 할 수 있는 프로젝트임. AlphaFold DB - DeepMind - EMBL-EBI, DeepMind 는 협력하고 있음. - 현재 AlphaFold 는 Human proteome 의 99% 를 포함하고 있음 - output은 예측된 좌표, Predicted al.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to sequence classification InterPro : https://www.ebi.ac.uk/interpro/api InterPro Loading the InterPro website, please wait. www.ebi.ac.uk protein, structure, taxonomy, proteome, set ( Pfam ... ) URL structure. /api/[data type]/ Mixing endpoints Sequence classification 은 녹화본이 없어서 자료를 가지고 내가 나름대로 정리해 본 내용 : protein_biology_sequence_classification_2022.pdf - Google Drive 1. Pfam database Pfam database 는 MSA, HMM 를 이용한 prote.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Programmatic access to UniProt Uniprot 데이터를 프로그래밍으로 접근하는 방법에 대한 강의 Programmatic access to UniProt - course - Colaboratory (google.com) 새로운 웹사이트 ( 2월 기준 ) 이 나왔고, 이는 REST API 를 사용한다 import requests, sys, json # Documentation: https://www.ebi.ac.uk/proteins/api/doc/ PROTEINS_API = "https://www.ebi.ac.uk/proteins/api" # not used in this session # Documentation: https://rest.uniprot.org/beta/docs/ WEBSITE_API = "https://rest.unipr.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Introduction to the UniProt data resource Bioinformatics resources for protein biology Bioinformatics resources for protein biology | EMBL-EBI Training Course materials Bioinformatics resources for protein biology www.ebi.ac.uk Uniprot : 두가지 종류의 Protein data 존재. - Reviewed vs unreviewed : exprimental 정보가 있으면 Review section 으로 간다. TrEMBL - > Swiss-Prot 으로 가는 과정은 review 과정을 거치느냐 거치지 않느냐를 포함함. 이는 단백질 기능 & 서열 이 출판되었는지, 혹은 전문가에 의해서 리뷰되었는지, i.. Resources/Classes 2022. 10. 29.

• 10월 4주차 Graph Neural Networks as gradient flows | by Michael Bronstein | Oct, 2022 | Towards Data Science Resources/Weekly reading list 2022. 10. 20.

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  [UniProt Challenge] MMseqs2 : 10,000x faster BLAST & profile generator BLAST 보다 10,000x 빠른 searching algorithm. C 로 짜여졌고 마틴 슈타이네거 교수님 논문. 17' Nat. Biotech 에 나온 툴로, 상당히 빠르긴 하다. 근데 문제는 내가 Many-for-many algorithm 이 아니라, One-for-many algorithm 을 사용해 query 각각의 PSSM 을 구해야 한다는 것. 어제 두 개를 비교해 보니 비슷한 느낌이긴 한데, 아마 DB 가 너무 커서 그럴수도 있어서 오늘 좀 더 작은 것으로 바꿔 볼 예정이다. 이하 내가 사용했던 부분 발췌. MMseqs2 User Guide soedinglab/MMseqs2: MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite .. Resources/Personal Projects 2022. 9. 27.

• [UniProt Challenge] Protein database download Protein database 다운로드에 대한 archiving. 1. Uniprot Downloads | UniProt help | UniProt UniProt www.uniprot.org Resources/Personal Projects 2022. 9. 27.

• [UniProt Challenge] PSI-BLAST & PSSM : Protein representation import subprocess import os # Local Psi Blast installation path path_to_psiblast = 'C:\\Program Files\\NCBI\\blast-2.7.1+\\bin\\psiblast.exe' # Path to Proteins in Fasta format fasta_path = 'processed_fastas/mouse_train/' from os import listdir from os.path import isfile, join onlyfiles = [f for f in listdir(fasta_path) if isfile(join(fasta_path, f))] # psiblast -query A0JNU3.fasta -db swissprot.. Resources/Personal Projects 2022. 9. 26.

• 9월 4주차 High-Throughput sequencing-based 3D chromatin architecture mapping 연구 동향 > BRIC (ibric.org) Resources/Weekly reading list 2022. 9. 20.

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  [UniProt Challenge] CNN + Attention Attention-augmented CNN [1904.09925] Attention Augmented Convolutional Networks (arxiv.org) Attention Augmented Convolutional Networks Convolutional networks have been the paradigm of choice in many computer vision applications. The convolution operation however has a significant weakness in that it only operates on a local neighborhood, thus missing global information. Self-attention, on arxiv... Resources/Personal Projects 2022. 9. 17.

• [UniProt Challenge] Amino acid binding / pocket signature Mutation 에는 mutational signature 라고 해서, 어떠한 muatation 생겼을 때 그 mutation 이 어디에서부터 유래한 것인지, 말하자면 mutation 의 origin을 유추할 수 있는 signature가 많이 공개되어 있음. COSMIC | Mutational Signatures (sanger.ac.uk) COSMIC | Mutational Signatures Mutational Signatures (v3.3 - June 2022) IntroductionSomatic mutations are present in all cells of the human body and occur throughout life. They are the consequence of multipl.. Resources/Personal Projects 2022. 9. 15.