[UniProt Challenge] Amino acid binding / pocket signature

Mutation 에는 mutational signature 라고 해서, 어떠한 muatation 생겼을 때 그 mutation 이 어디에서부터 유래한 것인지,  

말하자면 mutation 의 origin을 유추할 수 있는 signature가 많이 공개되어 있음. 

COSMIC | Mutational Signatures (sanger.ac.uk)

COSMIC | Mutational Signatures

 

이는 현재도 계속 업데이트 중이며, WGS 가 많이 시행되면서 활발히 연구되고 있는 분야 중 하나임.

 

그렇다면 protein-ligand 사이의 binding motif / binding signature 를 sequence level 에서 찾을 수 있을까 ? 

LBD ( Ligand Binding Domain ) 이라고 하는데, 이에 관한 sequence 수준의 siganautre 가 있는 resourece들이 얼마나 있을까 ? 

 

NAR 논문. Nucleotide binding motif

Nucleotide binding database NBDB – a collection of sequence motifs with specific protein-ligand interactions | Nucleic Acids Research | Oxford Academic (oup.com)