[UniProt Challenge] PSSM : Binding residue representation

Protein ligand-specific binding residue predictions by an ensemble classifier | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com)

Protein ligand-specific binding residue predictions by an ensemble classifier - BMC Bioinformatics

Figure from original paper

 

이 논문에서는 binding residue 기준으로 window 를 정해서 그 부분을 PSSM , Local structure, Conservation score 를 구해서 SVM... 등의 input 으로 넣는다고 함. 

 

부탁입니다. 생물정보학 PSI- BLAST 해보신분 ..... > BRIC (ibric.org)-> 여기에 설명 잘 되어있음

부탁입니다. 생물정보학 PSI- BLAST 해보신분 .....

저렇게 자른 부분을 positive labeling 하면

Negative labeling 하는데도 skill 이 필요할까 아니면 random sequence 로 하는 것이 좋을까 ?

 

Automatic generation of bioinformatics tools for predicting protein-ligand binding sites. - Abstract - Europe PMC

위 논문에서는 Ligand binding site 주위의 5-25 residue 를 negative 로 사용함. 

Automatic generation of bioinformatics tools for predicting protein-ligand binding sites. - Abstract - Europe PMC

위의 설명에 있는 논문과 같은 논문인데 여기서는 PSSM + Spacer 라는 feature 를 하나 추가하였는데 이는 N, C terminal 을 고려한 feature 임. 

 

 

Matrix 구하기

Bio.motifs.matrix module — Biopython 1.76 documentation

Bio.motifs.matrix module — Biopython 1.76 documentation

 

또한 metal binding site 는 마치 enhancer 가 DNA 와 interaction 하는 것과 같이 Long range interaction 도 고려한다고 들었는데, 그를 위해서는 window size 를 어디까지 키워야 할지?

 

HMM ( Hidden Markov Model ) 

What are profile hidden Markov models? | Pfam (ebi.ac.uk)

What are profile hidden Markov models? | Pfam

 

(8) Position Specific Score Matrix(PSSM) 이용한 Motif 찾기 알고리즘 - YouTube