Resources70

• AI in Drug Discovery 2022 AI in Drug Discovery 2022 - A Highly Opinionated Literature Review (practicalcheminformatics.blogspot.com) Resources/Key papers 2023. 1. 5.

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  Answers from ChatGPT ChapGPT 가 구글링할 수고를 덜어준다는 이야기가 있어서, 이 게시판에는 가끔씩 ChatGPT 에 물어본 내용 중 유용했던 것들을 올려볼까 한다. Resources/Answers from ChatGPT 2023. 1. 4.

• 1월 1주차 동시성, 병렬, 비동기, 논블럭킹과 컨셉들 :: BlaCk_Log (tistory.com) 동시성, 병렬, 비동기, 논블럭킹과 컨셉들 위 용어들은 모두 빠르게 실행하거나, 빠르게 느끼도록 만들때 주로 사용하는 용어들이다. 많은 사람들이 이미 적어놨으나 저도 한번 동참해보겠습니다. 차이가 있다면 되도록 이미지를 많이 black7375.tistory.com GitHub - openai/openai-cookbook: Examples and guides for using the OpenAI API Morphological Operations for Image Preprocessing in OpenCV, in Detail | by Rashida Nasrin Sucky | Dec, 2022 | Towards Dat.. Resources/Weekly reading list 2023. 1. 2.

• 12월 3주차 옵텔름사의 임상 검증 논문 K202300.pdf (fda.gov) https://optellum.com/clinical-validation/ Resources/Weekly reading list 2022. 12. 13.

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  [UniProt Challenge] Inferencing test data : 메모리... 메모리... 학습 완료. 드디어 Uniprot binding challenge 의 모델의 학습이 끝났다. 시험보고 하느라 좀 늦어진 것 같긴 한데... 그래도 validation metric 은 괜찮은 듯 하다. 이 대회는 training set : 19만개, test test : 100만개 (...?) 인 대회라, 대회 Kickoff meeting 에서도 말했지만 Uniprot 에서 annotated 되지 않은 protein 들의 binding site 를 조금이라도 예측해보고자 만든 대회다. 문제점 모델 파라미터는 0.6M , 가벼운 모델인데 아무래도 테스트 데이터가 100만개 정도이다 보니 이게 좀 걸림돌이었다. 1) 지금 모델이 아미노산 잔기에 대해서 하나하나 binding ion 과, binding scor.. Resources/Personal Projects 2022. 12. 13.

• 12월 1주차 fastgraphml: A Low-code framework to accelerate the Graph Machine Learning model development process | by Sachin Sharma | Nov, 2022 | Towards Data Science Resources/Weekly reading list 2022. 12. 1.

• 11월 5주차 CRISPR cancer trial success paves the way for personalized treatments (nature.com) Resources/Weekly reading list 2022. 11. 25.

• 11월 3주차 인공 일반 지능(Artificial General Intelligence, AGI)으로 가 | GeekNews (hada.io) The Information이 뽑은 2022년 가장 유망한 스타트업 50 | GeekNews (hada.io) BioIN(바이오인) Resources/Weekly reading list 2022. 11. 15.

• 10월 5주차 Auto Contrast on SEM image | Pega Devlog (jehyunlee.github.io) Resources/Weekly reading list 2022. 10. 31.

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  [EquiDock] 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 LAIDD(Lectures on AI-driven Drug Discovery) - 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 카카오브레인 이유한 박사님 단백질 + 단백질이 붙는 것이 단백질 도킹임 붙을 수 있는 가지수가 너무 많아서, 모든 경우의 수를 고려하는 것은 expensive 함. Docking problem : unbound state 2 개의 단백질을 bound state 상태로 만드는 transformation 찾는 것 임. -> Ligand : 움직이는것, Receptor : 움직이지 않는 것( 고정 ) 문제의 추가적인 단순화 1) Rigid-body Docking problem - bound state 로 변해도 단백질의 구조는 유지된다 - 초기 상태가 다르더라도 붙는 상태는 동일할 것 ( 결과는 한 .. Resources/Classes 2022. 10. 31.

• [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Molecular interactions 이 강의는 따로 녹화본이 없다. 하지만 PPI(Protein-Protein interaction) 을 설명한 좋은 slide 가 있어서 이것을 한번 정리해 볼 예정. IntAct_BRPB_course.pptx.pdf - Google Drive IntAct_BRPB_course.pptx.pdf drive.google.com IntAct_Asynchronus exercises_Solutions - Google Docs IntAct_Asynchronus exercises_Solutions Bioinformatics Resources for Protein Biology 2022 IntAct and Complex Portal - solutions Task 1: CFTR - Cystic fibrosis transm.. Resources/Classes 2022. 10. 30.

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  [EMBL] Bioinformatics resources for protein biology : Protein structures - EMDB / EMPAIR Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology (ebi.ac.uk) Protein structures – EMDB / EMPIAR | Bioinformatics resources for protein biology Trainer: Osman Salih Overview: In this session, you will learn about the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) and the Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR) Learning Outcomes: After this session you should be ab.. Resources/Classes 2022. 10. 30.