Deep learning can predict microsatellite instability directly from histology in gastrointestinal cancer

Deep learning can predict microsatellite instability directly from histology in gastrointestinal cancer | Nature Medicine

 

 

Figure from paper

Imagenet pretrained Resnet18 을 이용한 Transfer learning 으로 Tumor detection, MSI prediction 진행. 

-> 총 두 가지 모델을 가지고 진행

Figure from paper

Tumor slide image 를 조각내서 training 시켰기 때문에 하나하나와의 MSI score 를 구하고 합쳐서 전체적인 양상을 볼 수 있었음.

추가적으로 확인을 위해 MSI score 가 lymphocyte gene expression signature in gastric cancer and to PD-L1 expression and an interferon-γ (IFNγ) signature in CRC 와 연관성이 분석됨. 

 

Figure from paper

External validation, model validation 은 이렇게 진행함

 

Figure from paper

이것은 Tumor 조직 안에서도 MSS/MSI 의 상태가 heterogenous 하다는 것을 보여주는 것임. 

Figure from paper

가격적인 측면은 이렇게 가져갈 수 있음.