Chemoinformatics3

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  [UniProt Challenge] Inferencing test data : 메모리... 메모리... 학습 완료. 드디어 Uniprot binding challenge 의 모델의 학습이 끝났다. 시험보고 하느라 좀 늦어진 것 같긴 한데... 그래도 validation metric 은 괜찮은 듯 하다. 이 대회는 training set : 19만개, test test : 100만개 (...?) 인 대회라, 대회 Kickoff meeting 에서도 말했지만 Uniprot 에서 annotated 되지 않은 protein 들의 binding site 를 조금이라도 예측해보고자 만든 대회다. 문제점 모델 파라미터는 0.6M , 가벼운 모델인데 아무래도 테스트 데이터가 100만개 정도이다 보니 이게 좀 걸림돌이었다. 1) 지금 모델이 아미노산 잔기에 대해서 하나하나 binding ion 과, binding scor.. Resources/Personal Projects 2022. 12. 13.

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  [UniProt Challenge] 0. Start 올해 초였던가, EMBL 페이지를 보다가 UniProt Metal Binding Site Challenge 를 한다는 말을 들어서 신청했었다. 될까? 라는 생각으로 신청을 했는데, 약 5개월 후인 어제 kick-off meeting 이 7월 1일로 정해졌다며 메일이 왔다. 구글 문서로 motivation, goal, data 등을 제공 받았고, 7월 1일부터 스타트해서 연말까지 성능을 제출하는 것이 Round 1 이다. EMBL Uniprot metal binding site prediction challenge 는 총 2 round 로 진행이 되는데, Round 1 : 전체적인 성능 제출, 모델 비교 후 최상위 성능의 프로그램을 고르고, Round 2 : Round 1 에서 뽑힌 프로그램을 튜닝 / 저.. Resources/Personal Projects 2022. 6. 28.

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  Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information | Scientific Reports (nature.com) 2015, Scientific Reports Shroeder group Drug 는 타겟단백질에 붙어서 downstream effector 와 상호작용하여 결과적으로는 암세포의 전사체를 perturb 시킴. 이러한 perturbation 은 약물의 타겟같은 source 에 대한 정보를 제공함. 이 논문에서, 우리는 이러한 perturbation 과 단백질 상호작용 네트워크가 약물 타겟과 주요 pathway 들을 밝힐 수 있다는 것을 연구했음. CMap 에 있는 500여개 약물에 대한 systematic .. 논문 리뷰/Systems biology 2022. 5. 16.