md, docking : discovery studio ; PyMOL ; Chimera ; AutoDock(무료)
슈뢰딩거, 로제타, vina
protein-protein docking : rosettaDock ; autodock vina
MD : gromacs
Protein-protein docking : patch dock
Docking을 연구하는 집단은 어느 툴을 메인으로 쓴다기 보다 자체적으로 개발
Docking 프로그램이 잘 작동하는지 샘플링해서 눈으로 볼때 pymol이나 kimera같은 visualization 툴 사용
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